C'est en 1922 que l'on prit conscience de l'importance historique du lieu. Le travail de restauration de l'île débuta en 1953.
Il existe actuellement un projet de restauration très avancé, qui comprend aussi bien la reconstruction des bâtiments que la reconstitution de l'île elle-même. À ce jour, le contour initial de l'île a été reconstitué, et les bâtiments ont été magnifiquement restaurés. Dejima est un des sites historiques majeurs de Nagasaki.