Dejima (出島) est une île artificielle dans la baie de Nagasaki. C'était le lieu où les Néerlandais commerçaient avec les Japonais de 1641 à 1853. Dejima est parfois aussi écrit Deshima (shima signifie « île » en japonais et se modifie phonétiquement en -jima). Dejima signifie « île en saillie ».
Pendant cette période, les étrangers autres que les Néerlandais de la Compagnie néerlandaise des Indes orientales (Vereenigde Oost-Indische Compagnie ou VOC) n'avaient pas le droit de commercer avec l'archipel nippon. Ces derniers qui y étaient installés n'avaient pas le droit de quitter l'île.
Construite dès 1634 sous les ordres du shogun Iemitsu Tokugawa, Dejima était auparavant isolée des terres et a été peu à peu entourée de terrains gagnés sur la mer. Elle fera néanmoins une taille réduite de 120 mètres sur 75 et sera finalement reliée à la terre ferme par un pont, dont le franchissement était lui-même surveillé tant du côté japonais que du côté néerlandais (ces derniers ayant également installé une porte qui fermait l'accès de l'île).
Après une chute significative du commerce au cours du XVIIe siècle (deux navires par an seront autorisés à accoster à Dejima), la VOC fait finalement faillite en 1798 et ses actifs sont cédés au gouvernement néerlandais.
Durant la Révolution et les guerres napoléonniennes, lorsque les Pays-Bas furent occupés, puis annexés par les Français, Dejima rompit ses liens avec la métropole. Ainsi, l'île restera le seul endroit au monde où le drapeau néerlandais continuera de flotter durant cette période sous l´ordre de Hendrik Doeff.
Suite à l'ouverture forcée par le Comodore Perry en 1854, le Bakufu (le gouvernement des Shoguns) y installe en 1855 le Centre d'entraînement naval de Nagasaki destiné à permettre aux japonais d'assimiler les techniques navales occidentales. Le centre sera d'ailleurs équipé du premier navire à vapeur japonais, le Kankō Maru (offert par les néerlandais). L'un des premiers amiraux nippons, Takeaki Enomoto, étudia dans ce centre de formation.
Suite à l'autorisation accordée aux néerlandais de faire du commerce dans la ville même de Nagasaki, ceux-ci fermeront le poste de Dejima en 1857. L'île sera peu à peu rattachée à Nagasaki, par la récupération de terrains supplémentaires gagnés sur la mer.
Les Néerlandais commercialiseront principalement de la soie, puis plus tard du sucre (qui deviendra alors la première denrée).
Des peaux de cerfs ou de requins seront également amenées du reste de l'Asie par les occidentaux, qui feront aussi venir d'Europe des lainages et du verre (les Japonais leurs fournissant essentiellement du cuivre et de l'argent.
Ce commerce sera d'ailleurs très profitable pour la VOC qui réalisera de confortables profits à hauteur de 50%, voire plus. Ainsi, la charge financière que Dejima représentait pour la compagnie se trouvait largement amortie.
À cela s'ajoute à un système d'échanges commerciaux individuels organisé par le personnel de Dejima et les négociants néerlandais nommé Kanbang. Celui-ci était autorisé par le gouvernement japonais afin d'obtenir des livres et des instruments scientifiques, constituant ainsi une importante source de revenus pour les salariés. Plus de 10 000 ouvrages étrangers traitant de diverses questions scientifiques ont été vendus de cette manière, et deviendront pour les japonais de la fin du XVIIIe et du début du XIXe siècle, une source pour les « Études hollandaises », le rangaku.