Il ne reste aucune trace de ce qu'ont été les grandes orgues de la Paroisse royale avant la Révolution. On sait seulement que Louis-Claude Daquin en fut organiste autour de 1738. L'orgue actuel fut transporté en juillet 1791 depuis la Sainte-Chapelle, où il avait été construit vingt ans auparavant par François-Henri Clicquot, dans un buffet dessiné par Pierre-Noël Rousset.
Cette attribution n'est pas sans poser quelques interrogations : d'une part, les dimensions du grand buffet de Saint-Germain-l'Auxerrois laissent difficilement imaginer son intégration dans la Sainte-Chapelle ; d'autre part, son vocabulaire décoratif néo-classique et son mouvement concave, sans véritable tourelle autre que les tourelles latérales, semblent très modernes pour la date du dessin de Rousset (1752). Enfin, du matériel instrumental fut également récupéré de l'École militaire et de la collégiale Saint-Honoré. L'orgue est alors un "grand huit-pieds" (c'est-à-dire avec Bourdon de 16') sur quatre claviers et pédale en 16'.
Louis-Paul Dallery, qui avait entretenu l'orgue depuis son installation, eut en 1838 la charge d'une restauration importante, suite à la réouverture de l'église ; c'est à l'issue de ces travaux, le 1er août 1840, qu'Alexandre Boëly (1785-1858) fut nommé organiste. C'est lui qui avait demandé à Dallery d'installer le premier pédalier "à l'allemande", pour pouvoir jouer les œuvres de Jean-Sébastien Bach.
Entre 1847 et 1850, il supervise de nouveaux travaux par Ducroquet, qui modifient profondément la structure de l'instrument : réduction à trois claviers manuels, sommiers neufs pour le Grand-Orgue, création d'un clavier de Récit expressif en haut de l'instrument (commençant au Fa 2), réduction des mutations et introduction de jeux à anches libres (Euphones de 16' et 8' respectivement au Grand-Orgue et au Positif, Cor anglais au Récit). Cette évolution de l'instrument montre aussi celle du goût de Boëly, jusque là considéré comme le conservateur des traditions de l'orgue français d'Ancien Régime.
Boëly est renvoyé en 1851 ; Eugène Vast (1835-1911), organiste de chœur, "continuera à faire les fonctions de suppléant", sans jamais être nommé titulaire, jusqu'en 1909.
En 1864, l'instrument est encore remanié par Joseph Merklin : construction d'une machine Barker pour le Grand-Orgue et les accouplements de claviers, nouveaux sommiers de pédale, extension du Récit (qui commencera désormais au Do 2) suppression des jeux à anches libres (sauf l'Euphone du Positif, rebaptisé Clarinette), décalage en Bombarde 16' de la 2e Trompette du Grand-Orgue. Les jeux de fonds sont pavillonnés.
Après Eugène Vast, l'orgue a pour titulaires Marcel Rouher, Jean Pergola, Michel Chapuis, Édouard Souberbielle et Ricardo Miravet.
Dans les années 1970-80, c'est avec celui-ci que le facteur d'orgues Adrien Maciet remplace au Positif le Salicional (de Ducroquet), la Flûte de 4' et la Clarinette (ancien Euphone) par une Tierce, un Cromorne et des Pleins-jeux, dans l'idée d'un illusoire "retour à Clicquot", dont un sommier subsiste en effet à ce clavier. Plus judicieusement, il re-décale la Bombarde pour restituer les deux Trompettes de Clicquot.
Cependant, l'orgue continue de se dégrader et devient muet en 1995.
L'actuel titulaire, Henri de Rohan-Csermak, est nommé en 2002. En octobre 2004, des Journées d'études internationales, à l'initiative de l'Association Aristide Cavaillé-Coll, sont organisées autour de l'instrument. En 2005, celui-ci est remis en vent par Michel Goussu, grâce à qui il peut fonctionner occasionnellement jusqu'à ce qu'en 2008, la ville de Paris confie à Laurent Plet un relevage a minima qui, effectué dans le respect le plus précautionneux du matériel historique, permet aujourd'hui de l'entendre dans un état correct de vent, d'accord et d'harmonie. Les ajouts de Maciet ont été conservés, mais réharmonisés et reclassés. Les grandes anches du XVIIIe, qui avaient été décalées d'un ton, ont retrouvé leur emplacement d'origine, restituant ainsi le grand jeu de Clicquot, puisque la plupart des tuyaux de ces jeux sont intacts. Le fond d'orgue, en revanche, reste marqué par l'harmonie romantique que lui a donnée l'intervention de Merklin, dont le dépoussiérage permet de découvrir le grand intérêt. Une autre redécouverte est celle du Récit de Ducroquet, qui était devenu inaudible.
L'orgue étant classé Monument historique depuis 1961, une étude préalable est en cours par le technicien-conseil compétent, Christian Lutz, en vue d'une véritable restauration : on sait combien, pour un instrument à l'histoire aussi complexe et au matériau aussi disparate, le choix d'une option est délicat et les controverses violentes.
Bibliographie