Le bâtiment actuel est du XIXe siècle pour l'église haute, construite dans un style néoclassique avec des rappels byzantins, la crypte est du Xe siècle, bien conservé et intelligemment restaurée au XIXe siècle avec quelques éléments (au moins un arc) du Ve siècle.
Elle se situe à l'angle de la rue des macchabées et de la place Saint-Irénée. Le bâtiment ne donne pas directement sur la place ni sur la rue mais sur une cour intérieure où restent quelques sarcophages d'époque romaine, fermé par un mur ouvert sur à deux endroits sur la rue et sur la place et qui entourent en plus de l'église, le calvaire et la maison paroissiale.
L'église catholique est par ailleurs accolé à une église chrétienne catholique de rite byzantin.
Les vitraux et les statues de l'église haute datent d'une période s'échelonnant entre la reconstruction de l'église en 1824 et le tout début du XXe siècle. Les vitraux de la nef retracent la généalogies des tout premiers temps de l'histoire chrétienne de Lyon et ceux des côtés les portraits des grands martyrs de Lyon, Saint-Irénée, Sainte-Blandine, Alexandre et Épipoy.
L'orgue qui date de 1855, possède 2 claviers de 54 notes, un pédalier de 30 notes et 17 jeux. Jamais restauré avant 1987, il sert aux offices religieux et à des concerts. Sa particularité est d'être installé sur la partie latérale gauche du chœur et non au-dessus de l'entrée où on le trouve le plus souvent et où il se situait à l'origine.
La paroisse actuelle comprend les églises Saint-Just et Saint-Irénée. les messes se déroulant habituellement à Saint-Irénée.