Dans l'église sont enterrés le cardinal Luigi Maria Torregiani, Carlo Maderno, Francesco Borromini, Lodovico Cigoli, Onofrio del Grillo et l'architecte Carlo Murena.
Dans l'église sont conservées les Archives historiques de l'Archiconfrérie des Florentins, avec des écrits, des documents, des projets et des partitions, le tout allant du XVe siècle à nos jours ; on y trouve des documents curieux comme le procès-verbal de l'expulsion de Léonard de Vinci de l'association, pour défaut de paiement de la taxe d'entrée.
L'église est célèbre également parce que les animaux ont le droit d'y entrer.
Le musée attenant (museo San Giovanni de' Fiorentini) renferme un Saint Jean-Baptiste longtemps attribué à Donatello et récemment reconnu comme une œuvre de Michel-Ange, des sculptures du Bernin et de Pierino da Vinci, un reliquaire en argent, bronze et or provenant de l'atelier de Benvenuto Cellini et un grand ostensoir en argent de Luigi Valadier.
L'abside de la basilique constitue un véritable musée de l'art baroque qui a succédé au Bernin et à Algardi : le maître-autel de Borromini s'ouvre sur l'imposant groupe sculptural représentant Le Baptême du Christ, dû à Antonio Raggi, avec sur les deux côtés les tombeaux de la famille Falconieri accompagnés des statues de La Foi par Ercole Ferrata et de La Charité par Domenico Guidi, enrichies de génies de stuc et de putti qui, depuis le XVIIIe siècle, tiennent dans leurs mains des portraits de la famille Falconieri dans des médaillons de marbre blanc ou polychrome. À Paolo Benaglia on doit le mémorial d'Alessandro Falconieri et de Marianna Lante, de facture néoclassique.
L'autel colossal, en marbre rouge de France et de Cottanello, est surmonté par La Justice de Michel Anguier et par La Force de Leonardo Reti.
Le transept a été par la suite enrichi de bustes : Antonio Barberini par le Bernin, Pietro Francesco De Rossi par Domenico Guidi, Ottaviano Acciaioli par Ercole Ferrata et Ottavio Corsini par Algardi.
Entre les piliers des nefs se trouvent le monument à Francesca Calderini Pecori Riccardi par Antonio Raggi (vers 1655), le monument à Alessandro Gregorio Capponi, conçu par Ferdinando Fuga et sculpté en 1746 par Michelangelo Slodtz, et le monument à Girolamo Samminiati, œuvre de Filippo della Valle (1733), à qui on doit aussi la mémoire et le buste de Clément XII Corsini (1750). Après avoir parcouru les statues et les bas-reliefs en stuc blanc et doré, travaillés avec une incroyable finesse, dans la chapelle de la Madone de la Miséricorde et dans la chapelle Sachetti, on remarque cette dernière, où sur l'autel est placé, encadré dans une posta en marbre noir d'Afrique poli comme un miroir, le crucifix en bronze réalisé par Paolo Sanquirico sur une idée de Prospero Antichi. Dans la chapelle de Philippe Neri a été par la suite conservé le reliquaire de la croix à laquelle le saint avait l'habitude d'adresser sa prière, réalisé par Giuseppe Ducrot, et, dans la chapelle de Jésus miséricordieux, l'appareil sculptural de Gino Giannetti.