Entrez - Définition

Introduction

Le système global de recherches inter-bases de données Entrez (en anglais Entrez Global Query Cross-Database Search System) permet d'accéder à des bases de données du site internet du National Center for Biotechnology Information (NCBI). Le NCBI fait partie de la National Library of Medicine (NLM), qui est elle-même un département des National Institutes of Health (NIH) du gouvernement des États-Unis.

Genbank

Article principal : GenBank

Bases de Données

Entrez permet de faire une recherche globale ou filtrée dans les bases de données suivantes:

• All Databases: recherche dans toutes les bases de donnée ci dessous
• NCBI web site: NCBI web and FTP web sites
• PubMed: litterature scientifique et biomédicale avec le plus souvent accès aux résumés (abstracts). La consultation de l'article intégral est également possible pour certains journaux lorsqu'un lien a été établi avec l'éditeur.
• Protein: recherche de séquences
• Nucleotide: recherche de séquences (GenBank)
• EST: Expressed Sequence Tags database
• GSS: Genome Survey Sequences Database
• Structure: structures macromoléculaires en 3D
• Genome: séquences complètes Mapping
• BioSystem": voies métaboliques
• Books: livres en ligne
• CancerChromosomes: aberrations cytogénétique des cancers
• Conserved domains: domaine conservés des protéines
• 3D Domains: domaines en 3D
• Genes: genes
• Genome Project: informations issues du human genome project
• dbGAP: genotypes et phenotypes (database of Genotypes and Phenotypes)
• GENSAT: atlas d'expression de genes du systeme nerveux central de souris
• GEO Profiles: profil d'expression de genes
• HomoloGene: groupes eukariotes homologues
• Journals: titres et caractéristiques des journaux médicaux et scientifiques
• MeSH: Catalogue des mots clés
• NLM Catalog: données bibliographiques de la librairie Nationale de Médecine américaine (NLM)
• OMIM: transmission mendelienne chez l'homme
• OMIA: transmission mendelienne chez l'animal
• Peptidome: données d'identification de peptides et de protéines par spectrographie de masse en tandem
• PMC: Pubmed Central, sous ensemble de Pubmed ne comportant l'intégralité des articles accessibles librement
• PopSet: données sur l'étude des populations (epidemiologie)
• Probe: séquences spécifiques
• Protein cluster:
• PubChem BioAssay: bioactivité des substances chimiques
• PubChem Compound: activité biologique et structure chimique de composés uniques
• PubChem Substance: activité biologique et structure chimique de composés complexes
• SNP: polymorphismes nucleotidiques simples
• SRA: données issues du séquençage de dernière génération (Short Read Archive (SRA))
• Taxonomy: organismes dans GenBank Taxonomie
• UniGene: groupe de séquence transcrite issues d'un même gène
• UniSTS: séquences uniques de l'ADN dont la localisation est la position sont connues