Le roman Les Animaux dénaturés de Vercors est fondé sur l'hypothèse suivante : le chaînon manquant n'est pas fossile mais encore vivant. Se pose alors une question que les paléontologues considèrent comme sans objet quand il s'agit d'espèces éteintes : s'agit-il d'un être protégé par la Déclaration universelle des droits de l'homme, puisqu'il se trouve, par définition, à mi-chemin entre l'humain et le singe ?
On peut également citer le film Man to Man, dans lequel des paléontologues soutiennent que les pygmées sont le chaînon manquant.
Bernard Werber s'est aussi attelé au thème du chaînon manquant. Dans Le Père de nos pères, il met en scène deux journalistes, Lucrèce Nemrod et Isidore Katzenberg, qui se lancent à la poursuite de ce fossile théorique.
L'un des exemples les plus célèbres de forme transitionnelle est celui de l'archéoptéryx, le plus ancien fossile d'oiseau découvert à ce jour. Cet oiseau présente des caractères dérivés propres aux oiseaux (plumes) et des caractères ancestraux propres aux dinosaures (dents). Cette mosaïque de caractères, frappante à une époque où on ne savait pas encore que les oiseaux sont les représentants actuels des dinosaures, (d'une branche des dinosaures), a conduit à considérer à tort l'archéoptéryx comme un chaînon entre dinosaures et oiseaux. Cette erreur était en grande partie due à la trop grande attention portée à un caractère isolé, la présence de dents, considérée comme la signature de l'appartenance au groupe des dinosaures. Les oiseaux actuels présentent une mosaïque de caractères dérivés et ancestraux (plumes sur le corps / écailles sur les pattes / bec corné / articulation articulo-carrée de la mâchoire…) sans que quiconque ait jamais éprouvé le besoin de les qualifier de forme transitionnelle.
De fait, on considère aujourd'hui que tous les organismes vivants présentent des mosaïques de caractères ancestraux et de caractères dérivés.
Contrairement à une idée reçue largement répandue, les dinosaures n'ont pas tous disparu lors de la crise K/T d'il y a - 65 Ma. En effet, une famille de dinosaures a survécu jusqu'à l'époque actuelle : les oiseaux. L'analyse phylogénétique montre par exemple que les tyrannosaures sont bien plus proches de l'archéoptéryx et des oiseaux actuels que des tricératops. Ainsi, de la même manière que l'homme ne descend pas du singe mais est un singe, les oiseaux ne descendent pas des dinosaures mais sont des dinosaures.