Peu après la mort de Forster, son travail tombe presque complètement dans l'oubli en dehors du monde des spécialistes. Son souvenir sera instrumentalisé positivement ou négativement selon les tendances politiques de l'époque.
Au temps du nationalisme naissant de l'Allemagne post-napoléonienne, l'image de « traître à la Patrie » de Forster est mise en avant sur celle du chercheur et de l'écrivain. Dans l'Allemagne de Guillaume II (1859-1941) et pendant le Troisième Reich, le souvenir de Forster est proscrit. La République démocratique allemande au contraire institutionnalise son souvenir et cherche à se former une culture traditionnelle avec le chercheur et le révolutionnaire. Par exemple, la station de recherche de la RDA en Antarctique inaugurée le 1er juillet 1987 porte son nom. À la recherche d'une tradition démocratique dans l'histoire allemande, une réhabilitation partielle de Forster s'est dessinée même en République fédérale d'Allemagne depuis les années 1970. Sa réputation d'avoir été un des premiers et des plus importants ethnologues est aujourd'hui attestée. Son travail a eu une importance déterminante pour que l'ethnologie en Allemagne devienne un domaine autonome du savoir.
Forster ne retournera plus à Mayence. Son collègue Adam Lux fut guillotiné le 4 novembre 1793. En tant que député de la Convention nationale du premier parlement allemand, il est envoyé à Paris pour proposer le rattachement de la République de Mayence à la France puisque, seule, elle n'est pas viable. La proposition est acceptée, mais rendue sans objet par la reconquête de Mayence par les troupes de la coalition anti-française.
En raison d'un décret du Kaiser François Ier d'Autriche (1768-1835), qui punit toute collaboration des « sujets » allemands avec le gouvernement révolutionnaire français, Forster tombe sous le coup de la proscription impériale et ne peut plus retourner en Allemagne. Totalement sans ressources et sans sa femme, qui l'avait laissé en gardant ses enfants à Mayence, il reste à Paris. Précisément lorsque la Révolution arrive dans sa phase de Terreur du Comité de salut public sous Maximilien de Robespierre (1758-1794).
Forster prend conscience de la différence entre les aspirations de la révolution à combler la volonté de bonheur de l'humanité et la pratique révolutionnaire qui se place avec cruauté au-dessus du bonheur, de la vie même des individus. Contrairement à beaucoup d'autres partisans allemands de la Révolution, comme par exemple Friedrich Schiller (1759-1805), Forster ne se détourne pas de l'idéal révolutionnaire, même sous la Terreur. Il vit les événements comme étant naturels, qu'on ne peut arrêter et qui doivent libérer leur énergie pour ne pas avoir de nouveau des effets dévastateurs. Peu avant sa mort, il écrit :
« La Révolution est un ouragan. Qui pourrait l'arrêter ?
Un homme, que la Révolution a fait connaître, peut faire des choses que la postérité ne considérera pas comme des atrocités. »
Bien avant que le pouvoir révolutionnaire atteigne son apogée, Georg Forster meurt en janvier 1794, presque âgé de 40 ans, d'une pneumonie dans un petit appartement mansardé de la rue des Moulins à Paris.