Le prototype v1 du Ho IX, un planeur sans propulsion, vola pour la première fois le 1er mars 1944 à Göttingen. Il sera suivi en décembre par le Ho IX v2, propulsé par des moteurs Jumo 004 (des moteurs BMW 003 étaient prévus mais non opérationnels à cette date). Cette version motorisée prit du retard parce que les moteurs livrés avaient 20 centimètres de diamètre de plus que prévu. Les réacteurs devant être intégrés dans la masse de l'aile, cette anomalie nécessita de revoir l'aile entière.
Göring croyait fortement au concept et ordonna une commande de 40 unités de série à la Gotha, avec comme désignation officielle Ho 229. Le programme faillit être arrêté quand l'unique Ho IX v2 s'écrasa à cause d'un moteur en feu, après seulement 2h de vol. La partie construction passa alors entre les mains de la société Gotha, les frères Horten continuant leurs études sur le projet. En fait, l'ordre avait déjà été donné sur une commande de quelques prototypes et 20 unités de pré-série. Le 12 mars 1945, le Ho 229 devenu Go 229 était inclus au sein du Jäger-Notprogramm (littéralement Programme de chasseurs de secours) , dont le but était de produire des chasseurs de défense, et d'accélérer le développement des avions à réaction.
Durant les derniers mois de la guerre, l'Armée américaine initia l'Opération Paperclip, visant à récupérer les programmes d'armement avancés allemands avant les troupes russes. Ainsi un planeur Horten et le Ho 229 v3, en phase finale d'assemblage, furent récupérés et envoyés à la Northrop Corporation aux États-Unis pour évaluation. Northrop fut choisi en raison de ses travaux sur le concept d'aile volante (Northrop N-1M de 1939), directement inspirés par les planeurs d'avant guerre des frères Horten.
Un prototype monoplace N9M-B de Northrop et un planeur Horten Ho IV sont visibles en Caroline du Sud au Planes of Fame museum. L'unique survivant du Ho 229, du moins son épave, est situé au Paul E. Garber Facility du National Air and Space Museum dans le Maryland. La plupart des appareils trouvés par les troupes américaines furent détruits sur place pour éviter qu'ils tombent aux mains des soviétiques. Le Go 229 v3 fut capturé par le VIII Corps de la Troisième armée du Général Patton.
Le Northrop B-2 Spirit viendrait des recherches sur le Horten Ho 229.
En 2009, un groupe de spécialistes de Northrop Grumman ont construit une réplique de l'avion à partir des plans originaux. Ceci dans le but de déterminer si l'avion était vraiment furtif au radar, et donc si son impact s'il avait été utilisé plus tôt dans la guerre aurait pu changer le cours de celle-ci.