Dans l'univers de fiction de Warhammer 40,000, l’Inquisition, ou le très Saint Ordre Impérial de L'Inquisition, est une organisation secrète chargée de mener des enquêtes concernant des menaces potentielles au sein de l’Imperium. Elle traque toutes les menaces intérieures que sont le Sorcier, l'Hérétique et le Xéno et peut réquisitionner n'importe quel citoyen, matériel ou bâtiment impériaux.
Elle est subdivisée en trois sections nommées Ordos (ou ordres), les ordos Malleus, Hereticus et Xenos.
L'Ordo Malleus (Ordre du Marteau) s'occupe de la traque des entités du Warp qui tentent de rejoindre la dimension réelle pour y semer le chaos. Parmi les inquisiteurs de l'Ordo Malleus, aussi nommés Chasseurs de Démons, certains sont dits radicaux car ils considèrent qu'il faut utiliser les armes de l'ennemi contre lui (souvent des armes dans lesquelles un démon est enfermé, ou encore des possédés enchainés et plus ou moins soumis...). Ils sont souvent mal vus des autres inquisiteurs, les puritains car eux respectent à la lettre les préceptes énoncés par l'Inquisition. Il n'est pas rare qu'un Puritain affronte un de ces anciens collègue passé à l'ennemi après des années de Radicalisme, ou dénonce un radical comme hérétique. Lorsqu'il faut combattre le démon par les armes, l'Ordo Malleus fait appel à un chapitre de Space Marines spécialisé dans le combat contre les démons : les Grey Knights (Chevaliers Gris). Bien que théoriquement indépendant, ce chapitre est souvent considéré par les inquisiteurs comme un simple organe de l'Inquisition. L'Humanité ne doit sa survie qu'aux valeureux héros Grey Knights morts au combat, inconnus des peuples mais révéré par ses frères.
Il cherche à contrer la menace provenant des entités extra-terrestres telles que les Orks, les Tyranides, les Nécrons ou les Tau. Leur bras armé est la "Deathwatch", force de frappe hétéroclite composée de Space Marines de divers chapitres. Ces marines, une fois entraînés spécialement aux tactiques conçues pour donner la mort aux Xenos, reçoivent des armes étudiées à cette fin. Celles-ci sont faites par certains des meilleurs artificiers de l'Adeptus Astartes et on pourrait citer, entre autres, les bolts de plusieurs types différents conçus dans le but précis d'exterminer les entités extra-terrestres : les bolts infernos, feu d'enfer, metal storm, kraken. Les utilisateurs de ces armes peuvent par la suite, une fois qu'ils rentrent dans leurs chapitres respectifs, garder le droit d'utiliser ces munitions spécialisées.
Une équipe de la Deathwatch a tous les pouvoirs : en effet vu leur rôle primordial, ils doivent pouvoir l'exécuter sans aucun "désagrément". Ainsi une seule équipe (avec ou sans inquisiteur) peut réquisitionner n'importe quelle personne ou construction de l'Imperium. Il existe au sein de l'Ordo Xenos comme dans les autres Ordo des Inquisiteurs radicaux et puritains. Les radicaux utilisent des armes Xenos mais, contrairement aux radicaux de l'Ordo Malleus, s'allient parfois avec leur adversaires pour contrer une menace plus importantes. Les relations Tau/Imperium et Eldars/Imperium ne sont pas des meilleures mais en cas d'invasion Orks, Tyranides etc... certains Inquisiteurs accepteront une alliance provisoire qui leur sera bénéfique. Dans de rares cas l'Inquisiteurs entretient de parfaites relations avec le Xenos ce qui lui permet de s'équiper d'armes de qualité supérieure pour lutter contre des Xenos récalcitrants avec lesquels aucune alliance n'est possible (Nécrons, Orks, Tyranides et Eldars Noirs). Quant à eux, les Puritains respectent les principes et leur ordre à la lettre et entretiennent une haine farouche envers le Xenos.