Fondée par les colons portugais sous le nom de São Jorge d’Ilhéus en 1532, la ville était un repaire de pirates hollandais et portugais au début de la période coloniale avant de devenir un port important pour le commerce du cacao et de la pêche à la baleine.
La ville trouve ses origines dans une église fondée par les jésuites au XVIIe siècle. La population s’est organisée en municipalité en 1732 sous le nom de São Miguel da Barra do Rio das Contas. Les statuts de la ville ont été écrits officiellement en 1881. La désignation actuelle a été définie en 1931.
La ville favorise l'écotourisme – plongée, canoë-kayak, rafting ; elle heberge un spot de surf de qualité internationale et une compétition de surf.
Les petites routes sont parfois impraticable pendant la saison des pluies (mai/août), l'accès depuis Salvador de Bahia par la route oblige à contourner la baie jusqu'à Ilhéus par la BR101 puis remonter à Itacaré par la BA001. Une route reliant Itacaré à la BR101 est en construction.