John Ray fait paraître en 1691 The Wisdom of God Manifested in the Works of the Creation, qui est édité vingt-trois fois entre 1691 et 1846. La première édition est totalement vendu en moins d’un ans. Le sujet de ce livre n’est pas vraiment original, bien d’autres auteurs faisant, comme Ray, de l’adaptation des animaux et des plantes à leur environnement la preuve de la sagesse et du pouvoir du Créateur. Ray s’y intéresse à de nombreux sujets comme l’influence de la lune sur les marées, la forme des cellules de la ruche des abeilles, les mouvements des oiseaux et des poissons, etc.
Son texte est utilisé par William Paley (1743-1805) dans sa Natural Theology de 1802 et dont les exemples d’adaptation seront utilisés par Charles Darwin (1809-1882).
Il faut voir que pour un homme croyant comme John Ray, la Bible est considéré comme un document historique littéralement vrai. Ray a ainsi beaucoup de difficulté à concilier le récit biblique du Déluge. Ray avance ainsi que le Déluge a été provoqué par la pression sur les mers de l’eau souterraine. Pour autant, certaines des conceptions géologiques de Ray sont très en avance sur son temps.
Ray connaît la nouvelle science, terme qu’il utilise pour désigner la pensée cartésienne. On sait qu’il possède les Principia Philosophiae (1644), Dissertatio de Methodo (1650) et Passiones Animae (1650) de René Descartes (1596-1650). Il n’est pas étranger non plus de l’école ique de Cambridge, notamment Thomas More (1478-1535) et Ralph Cudworth (1617-1688).
Au XVIIe et au XVIIIe siècle de nombreux zoologistes et botanistes avaient utilisé les notions de genre et d'espèce mais sans leur donner un fondement rigoureux, situation qui avait abouti à une prolifération des noms attribués aux espèces décrites.
On attribue en général à Carl von Linné (1707-1778) la définition de ces notions, mais l'examen attentif des textes de John Ray, que Linné cite à de nombreuses reprises, montre que Ray les avait décrits en des formulations très similaires à celles de Linné, qui paraîtront une trentaine d'années plus tard. Linné a néanmoins le mérite d’avoir formulé les règles d’usage de façon précise(à reformuler).
Dans son Historia plantarum, Ray indique ainsi que les plantes ne peuvent pas transmettre à leurs descendances des caractéristiques accidentelles acquises. Il précise que les individus appartenant à une espèce donnée engendrent des individus identiques à eux. Il souligne également l'absence de descendance fertile à un croisement entre deux individus d'espèces différentes.
Reste à intégrer dans cette vision des espèces, les différences individuelles. Pour Ray, elles ne sont dues qu'à des accidents ou des contraintes de l'environnement (comme le climat, la nature du sol ou l'alimentation). La diversité d'apparence des espèces domestiques, n'empêchant pas des croisements, constitue une preuve supplémentaire aux yeux de Ray à la stabilité des espèces.
Ray croit que le nombre des espèces est fixe depuis la création du monde et ses nombreuses observations ne l'amènent pas à concevoir une possible évolution.
La Ray Society fondée en 1844 commémore son nom. Le but de cette société est de promouvoir des travaux en histoire naturelle.