Liste des membres de la maison d'Aviz inhumés dans l'église:
Le portail latéral sud, œuvre de Diogo Boitaca et João de Castilho, présente un foisonnment de gâbles, de pinacles et de niches accueillant des statues. Il est couronné par un dais surmonté de la croix des chevaliers du Christ. Le trumeau est orné de la statue d'Henri le Navigateur et le tympan est décoré de bas-reliefs se rapportant à la vie de Saint-Jérôme.
Le portail ouest, œuvre de Nicolas Chanterène, permet d'accéder au cloitre du monastère. Il est orné de très belles statues, notamment celles de Manuel Ier et de sa seconde épouse Marie d'Aragon. Au-dessus du portail se trouve les scènes de l'Annonciation, de la Nativité et de l'Adoration des Mages. Aujourd'hui le portail ouest est abrité par un porche construit au 19e siècle.
L'intérieur de la nef de l'église surprend par le raffinement et la virtuosité de sa voute. La décoration des piliers et de la voute sont de João de Castilho, dans le pure style manuélin. A l'entrée de l'église, on peut voir les tombeaux de Vasco de Gama et de Camoens. Les bras du transept de style baroque ont été érigés par Jérôme de Rouen, fils de Jean de Rouen et renferment plusieurs tombeaux royaux. Dans le chœur reconstruit à l'époque classique, on découvre un tabernacle en argent du 17e siècle, de l'orfèvre portugais João de Sousa (1674-1678), offert par le roi Alphonse VI en remerciements pour sa victoire dans la Bataille de Montes Claros (17 juin 1665) face au royaume d'Espagne, et aussi plusieurs tombeaux royaux.
Ce musée est installé à l'ouest du monastère dans deux bâtiments distincts. Il présente notamment une importante et remarquable collection de maquettes d'embarcations de différentes époques.
Il est situé dans l'aile construite au XIXs siècle. Dans la grande galerie, on peut découvrir les différentes étapes de l'histoire portugaise des origines jusqu'à l'époque romaine. Des objets des différentes époques sont présentés: des poteries, des armes, des bijoux, des stèles... Parmi ses objets, on trouve notamment des berrões qui sont des sculptures de granit représentant des sangliers que l'on trouve en nombre dans le nord-est du Portugal.