Le pape Benoît XVI a visité la Mosquée bleue, le 30 novembre 2006, lors de sa visite en Turquie. Cela marque la deuxième visite papale dans l'histoire dans un lieu de culte musulman. Lors de sa tournée, le pontife se tourna vers la Mecque, dans un geste de la prière musulmane et a mené une "prière silencieuse». Après avoir enlevé ses chaussures, le Pape fit une pause de deux minutes complètes, les yeux fermés dans la prière, debout côte à côte avec Mustafa Çağrıcı, le mufti d'Istanbul et Emrullah Hatipoğlu, l'imam de la Mosquée bleue.
Le pape "a remercié la Providence divine pour cela" et dit: "Que tous les croyants s'identifient avec le Dieu unique et témoignent d'une vraie fraternité." Le Pontife augure que la Turquie «sera un pont d'amitié et de collaboration entre l'Orient et l'Occident» et il a remercié le peuple turc "pour sa cordialité et sa sympathie" qu'ils lui ont montrées tout au long de son séjour, en disant qu': "il se sentait aimé et compris."