Deux algébristes français du XVI siècle, Buteo et Guillaume Gosselin, ainsi que l'anglais Wallis, lui ont rendu hommage mais dès leur époque son œuvre se trouvait éclipsée par l’Arismetique d’Étienne de La Roche, imprimée à Lyon en 1520. Son élève - ou selon certain son voisin- Estienne de La Roche s'est en effet cru autorisé à publier une grande partie de l'ouvrage, néanmoins sans en mentionner l'attribution plus de trente ans après la mort de son auteur.
Le géomètre Michel Chasles pressentit en 1841 que l'œuvre d’Étienne de La Roche n'était qu'une copie du manuscrit perdu de Chuquet. Il fallut attendre les années 1870, pour que l'érudit Aristide Marre découvrît le manuscrit de Chuquet et le publiât en 1880. Le manuscrit contenait des notes de la main de La Roche.
Le Manuscrit retrouvé par Aristide Marre et édité par ses soins en 1880 avait transité par De la Roche puis Leonardo da Villa. Il était entré dans la bibliothèque de Jean-Baptiste Colbert et de là dans la bibliothèque royale. Sa découverte suscita une grande émotion