À partir de 81 rayons cosmiques d'ultra-haute énergie détectés depuis 2004 en Argentine, les scientifiques ont trouvé l'origine de ces rayons à proximité des noyaux de galaxies actives (AGN), où se situent d'importants trous noirs. Cependant, en aucun cas il n'a été affirmé par la collaboration Auger que l'origine de ces rayons cosmiques d'énergie extrême venait de ces AGN. En effet, cette étude basée sur les catalogues d'AGN avait pour unique but de prouver l'anisotropie des rayons cosmiques d'ultra-haute énergie.
Le but de cet observatoire est de détecter des rayons cosmiques à hautes énergies. Le flux des rayons cosmiques étant très faible, il faut une très grande surface de détection pour pouvoir espérer en détecter suffisamment. La spécificité de cet observatoire est de coupler deux types de modes de détection. Premièrement, des télescopes de fluorescence détectent la lumière ultraviolette émise par les molécules de l'air qui sont elles-mêmes brièvement excitées par le passage de la cascade de particules. Ensuite, les diverses particules qui atteignent le sol sont détectées par des cuves d'eau dites « tank » détectant jour et nuit par Effet Tcherenkov électrons, photons et muons de la cascade. Ce type de détecteur est unique dans le monde par sa dualité fluorescence-Tcherenkov.
Les détecteurs de surface sont des détecteurs Tcherenkov couvrant une surface totale de 3 000 km2 à distance de 1,5 km les uns des autres. Ils sont en tout 1 600. Ces détecteurs se composent de trois photomultiplicateurs encastrés dans un ballon gonflable rempli d'eau, le « liner ». Ils sont complètement autonomes. Ils sont alimentés par deux panneaux solaires de 50 W et deux batteries de 12V. Ils sont équipés aussi d'un GPS et d'une radio, laquelle envoie les données (détection des rayons cosmiques ou surveillance du fonctionnement de l'électronique).
Plusieurs télescopes observent dans l'UV, à environ 300 nm, l'interaction d'une particule cosmique avec l'azote de l'atmosphère.