Les viroïdes se distinguent des virus ; ils ont une structure bien plus simple et le principe de leur multiplication n’est pas tout à fait identique.
Les viroïdes sont constitués exclusivement d’un ARN monocaténaire circulaire qui possède une structure spatiale très compacte et rigide. Il n’y a pas de capside et encore moins d’enveloppe. Les viroïdes ont été classés en deux familles : les Pospoviroïdae et les Avsunviroïdae.
L’ARN polymérase de la plante assure la synthèse de nouveaux viroïdes qui s’accumulent alors dans le nucléole, le reste du noyau ou de la membrane des thylakoïdes des chloroplastes.
Cette accumulation de viroïdes à l’intérieur de la cellule entraîne un dysfonctionnement métabolique empêchant par exemple la multiplication cellulaire. La multiplication des viroïdes est favorisée par une augmentation de la durée de jour et une augmentation de la température, c’est pour cette raison qu’ils sont impliqués dans des maladies tropicales, méditerranéennes ou de plantes d’ornement élevées sous serre. Une de ces attaques provoque le « Cadang Cadang » qui aboutit à un dépérissement lent mais létal des cocotiers et qui a déjà décimé des milliers d’arbres.
Il n'existe pas de substance chimique connue à ce jour, capable d’assurer une lutte curative : seul la lutte préventive peut-être envisagée.
Les moyens de défense naturels des végétaux (synthèse de protéines de défenses, hypersensibilité) à lutter contre les virus sont de nature génétique. Cette aptitude définie la notion de résistance variétale. L’expérience prouve que plus une plante est sélectionnée dans un objectif de rendement, et plus on la fragilise. Les généticiens ont donc été amenés à créer de nouvelles variétés en introduisant des gènes de résistance par le biais de croisements et de sélection ou par le biais de technique de transgénèse.
Par exemple on croise des plants de tomates Lycopersicon esculentum avec des espèces sauvages comme Lycopersicon hirsutum ou Lycopersicon peruvianum afin d’améliorer la résistance aux virus de la mosaïque du tabac, de la marbrure du tabac et du virus Y de la pomme de terre.
De même des croisement sont effectués entre l’orge et le triticale afin d’obtenir des variétés résistantes au virus de la mosaïque jaunissante.
Pour les virus non persistants, la propagation de l’épidémie se fait dans un rayon d’une centaine de mètre autour du plant virosé.
Pour les virus persistant la propagation des virus peut se faire sur des centaines de km. La maîtrise de la population de phytophage vecteur peut parfois s’imposer. Dans ces cas là, l’utilisation d’un insecticide sur le feuillage ou dans le sol peut être préconisé. Ce type de traitement intervient notamment pour le virus de l’enroulement de la pomme de terre ou bien le virus de la Jaunisse nanifiante de l’orge.
Les méristèmes sont indemnes de virus. Sur le milieu de culture contenant des hormones et des inhibiteurs de réplication, la culture de méristème permet la multiplication de clones sains grande échelle.
La thermothérapie consiste à exposer le végétal à une forte température .Elle est capable de détruire les virus à l’image d’une fièvre chez les humains. Pour cela on procède à des bains chauds ou on place dans une ambiance chauffés les végétaux à « traiter ». Cette solution n’est envisagée que pour des petites cultures.
Les fraisiers au chaud ! Des plantules de fraisiers infectés par le virus de la marbrure peuvent être assainis par un séjour de 3 à 4 semaines à 37/38 ° C. En général cette technique de thermothérapie est réservée à la lutte préventive pour produire des greffons ou plants indemnes de virus.
Elle consiste à inoculer une souche virale produisant des symptômes atténués afin de protéger les plantes contre l’infection ultérieure de souches sévères du même virus ou viroïde. Cependant, il peut se produire un phénomène de réversion qui fait régresser la souche prémunisante en souche virulente. De plus certaines souches prémunisantes peuvent être virulentes pour d’autres espèces.
Le coté aléatoire de cette technique en fait une méthode transitoire dans l’attente d’autres solutions moins onéreuses et plus pratiques à mettre en œuvre. À l’heure actuelle les virus faisant l’objet d’une prémunition à une échelle commerciale sont :