Œuvres
- Catherine, Gallimard (1984)
- Ce pas et le suivant, Gallimard (1985)
- La bête faramineuse, Gallimard (1986)
- La maison rose, Gallimard (1987)
- L'arbre sur la rivière, Gallimard (1988)
- C'était nous, Gallimard (1989)
- Johan Zoffany, Vénus sur les eaux, avec Bernadette de Boysson, éditions William Blake & Co. (1990)
- La mue, Gallimard (1991)
- L'orphelin, Gallimard (1992), ; rééd. dans la collection « L'imaginaire » (2009)
- Le matin des origines, Verdier (1992),
- Le Grand Sylvain, Verdier (1993),
- La Toussaint, Gallimard (1994)
- La casse, Fata Morgana (1994)
- Points cardinaux, Fata Morgana (1994)
- L'immémorable, avec Magdi Senadji, éditions À une soie (1994)
- Au jour consumé, avec Jean-Michel Fauquet, éditions Filigranes (1994)
- Miette, Gallimard (1995) et Folio (1996), Prix France Culture
- La cécité d'Homère. Cinq leçons de poétique, éditions Circé (1995)
- D'abord, nous sommes au monde, avec Alain Turpault, éditions du Laquet (1995)
- Æneis, avec Philippe Ségéral, Fondation Paribas (1995)
- La mort de Brune, Gallimard (1996) et Folio (1997)
- Le chevron, Verdier (1996)
- Haute tension, éditions William Blake & Co. (1996)
- Le bois du chapitre, éditions Théodore Balmoral (1996)
- Les choses mêmes, avec François Pons, éditions Les Cahiers de l'Atelier (1996)
- La ligne, Verdier (1997)
- L'empreinte, éditions François Janaud (1997) ; rééd. Fata Morgana (2007)
- La demeure des ombres, éditions Art & Arts (1997)
- Kpélié, Les Flohic éditeurs (1997)
- Conversations sur l'Isle, entretiens avec Tristan Hordé, éditions William Blake & Co. (1998)
- La puissance du souvenir dans l'écriture. L'effet Zeigarnik, éditions Pleins Feux (2000)
- Le premier mot, Gallimard (2001)
- Les forges de Syam, éditions de l'Imprimeur (2001) ; rééd. Verdier poche (2007)
- Simples, magistraux et autres antidotes, Verdier (2001)
- Un peu de bleu dans le paysage, Verdier (2001)
- B-17 G, Les Flohic éditeurs (2001) ; réed. Argol (2006)
- François, éditions François Janaud (2001)
- Jusqu'à Faulkner, Gallimard (2002)
- Aimer la grammaire, Nathan (2002)
- L'héritage, entretiens avec Gabriel Bergounioux, Les Flohic éditeurs (2002) ; réed. Argol (2008)
- Ordalies, avec Jean-Michel Fauquet, éditions Filigranes (2002)
- Back in the sixties, Verdier (2003)
- Univers préférables, Fata Morgana (2003)
- Bréviaire de littérature à l'usage des vivants, Bréal (2004)
- Le fleuve des âges, Fata Morgana (2005)
- Pycniques et leptosomes. Sur C.-A. Cingria, Fata Morgana (2005)
- Carnet de notes. Journal 1980-1990, Verdier (2006)
- L'invention du présent, Fata Morgana (2006)
- La fin du monde en avançant, Fata Morgana (2006)
- École : mission accomplie, éditions les Prairies ordinaires (2006)
- Sidérothérapie, Tarabuste (2006)
- Où est le passé, entretien avec Michel Gribinski, L'Olivier (2007)
- Carnet de notes. Journal 1991-2000, Verdier (2007)
- Années folles, Circa 1924 (2008)
- Agir, écrire, Fata Morgana (2008)
- Couleurs, Fata Morgana (2008)
- Une chambre en Hollande, Verdier (2009)
- Deux querelles (Une cadette épineuse suivi de L'humanité divisée), éditions Cécile Défaut (2009)
- Deux écrivains français, éditions Fario (2009)
- Chasseur à la manque, Gallimard (2010)
- Les restes du monde, avec Joël Leick, Fata Morgana (2010)
Pierre Bergounioux est également l'auteur de nombreux textes parus en revue ou dans des ouvrages collectifs.