Les phylogénies moléculaires ont distingué quatre groupes au sein des Téléostéens : les Élopomorphes, les Ostéoglossomorphes, les Ostarioclupéomorphes ou Otocéphales et les Eutéléostéens, les deux derniers formant ensemble un clade monophylétique. La relation entre les deux premiers n'est pas l'objet d'un consensus.
Au sein des Eutéléostéens, le contenu des Protacanthoptérygiens varie selon les auteurs, et au sein des Néotéléostéens les contours traditionnels des Paracanthoptérygiens et des Acanthoptérygiens ont volé en éclats, tout comme les Perciformes vraisemblablement polyphylétiques.
Pour la place des ordres et taxons de même niveau, on a suivi ci-dessus la synthèse de Lecointre et al. 2010.