À l'instar des autres pays de la région, le Nicaragua est touché par des pluies diluviennes en relation avec le système dépressionnaire. Les services de sécurité rapportent la mort d'au moins une personne, emportée par une rivière en crue. De nombreuses maisons et infrastructures sont endommagées dans l'ensemble du pays. Dans le département d'Estelí, l'armée de l'air vient à la rescousse de 24 personnes prises au piège dans leurs maisons.
Au Guatemala, le volcan de Pacaya, situé à environ 25 kilomètres au sud de la capitale, Guatemala, entre en éruption le 27 mai, tuant une personne et obligeant près de 2000 personnes à évacuer leurs foyers. Les pluies abondantes causées par Agatha aggravent la situation et de nombreux lahars sont relevés. Des glissements de terrain sont relevés dans plusieurs régions, essentiellement dans le sud du pays, gênant le trafic routier et l'arrivée des secours. Dans la région de Almolonga, les glissements de terrain provoquent la mort de quatre personnes ainsi que de nombreux dégâts matériels. À San Antonio Palopó, 25 maisons ont été emportées, causant la mort de 15 personnes. À Guatemala, des phénomènes similaires conduisent à la formation d'une doline, cavité béante de près de 30 mètres de profondeur en plein cœur de la capitale. De nombreuses localités sont touchées à des degrés divers, les services de sécurité annonçant un bilan de 156 morts, 100 disparus et 75 000 sinistrés dans l'ensemble du pays. Dans le sud du Mexique, dans l'état du Chiapas, 120 familles ont été évacuées en raison des risques d'inondation et de glissements de terrain.
Au Honduras, selon un décompte de la Commission permanente de contingence (CoPeCo), la tempête à causé la mort de 18 personnes et provoqué de nombreux dégâts matériels au niveau des infrastructures, touchant nombre d'habitations, routes, ponts et plantations. Le président de la république Porfirio Lobo décrète l'état d'urgence nationale le 30 mai dans 14 des 18 départements du pays.
Au Salvador, de nombreuses inondations ont affecté le pays, obligeant les autorités à des évacuations d'urgence à San Salvador, la capitale, ainsi que dans cinq autres localités. Au total, 11 personnes ont perdu la vie durant ces intempéries. Le 30 mai, le président de la république Mauricio Funes décrète l'état d'urgence nationale.