L'université compte en 2006 344 associations étudiantes (サークル, sākuru?). Elles se répartissent en deux groupes de même importance, celles concernant des activités sportives et les autres, centrées sur des activités culturelles ou musicales. Plusieurs associations peuvent être concernées par un même sport. Elles organisent au début du mois d'avril des shinkan (新歓, shinkan?), journées pour recruter de nouveaux membres au moment où les nouveaux étudiants arrivent. Une partie de ces associations est ouverte aux personnes extérieures à l'université.
Environ 66 % des étudiants de l'université étaient membres d'une association lors d'une enquête de 2008 et 20 % de plus en avaient déjà fait partie. Le temps qui leur était consacré s'élevait à un peu plus de onze heures hebdomadaires et les taux de participation à ces activités étaient similaires entre étudiantes et étudiants.
L'université organise chaque année deux principaux festivals étudiants, l'un en mai sur le campus de Hongō et l'autre en automne sur le campus de Komaba :
L'université et ce qui l'entoure sont utilisés dans plusieurs productions culturelles.
La préparation au concours d'entrée à l'université sert de toile de fond dans le scénario de mangas comme Love Hina, Tōdai itchokusen ou Tōkyō daigaku monogatari, ainsi que dans le drama Dragon zakura.
Des personnages fictifs sont aussi issus de cette université, comme Kintarō, personnage central du manga Golden Boy, Yagami Light, le personnage principal du manga Death Note, Suguru Teshigawara, l'un des personnages secondaires du manga Great Teacher Onizuka, ou encore comme Atsushi Hirata du manga Ghost Hound.
L'université sert aussi en partie de cadre au roman Sanshiro de Sōseki. L'étang au centre de l'université a d'ailleurs pris le nom du héros éponyme de ce roman après la parution de celui-ci.