Les étudiants qui veulent se présenter à l'université de Tōkyō doivent préalablement passer un examen national, le test du Centre national des admissions à l'université (大学入学者選抜大学入試センター試験, Daigaku nyūgakusha senbatsu daigaku nyūshi sentā shiken?). Les étudiants ayant obtenu un score suffisant à cet examen peuvent se présenter au concours d'entrée de l'université. L'accès à l'université se fait à l'issue de cette seconde sélection, les candidats passant un écrit sur l'un des six champs possibles. En 2009, quelques 13 043 inscriptions ont été enregistrées pour un total de 3 061 places offertes.
Tous les étudiants suivent les deux premières années de leur scolarité au sein de la faculté d'arts et sciences (教養学部?) sur le campus de Komaba où ils suivent une formation généraliste. Ils sont répartis dans six départements : trois à dominance littéraire et trois à dominance scientifique. Au terme de ces deux années, ceux choisissant de rester dans cette faculté pour le reste de leur formation restent sur le campus de Komaba et ceux qui choisissent d'intégrer une autre faculté finissent les deux années de leur scolarité sur le campus de Hongō, ces facultés ne se chargeant que des deux dernières années de formation de premier cycle.
La cérémonie de remise des diplômes se tient dans l'auditorium Yasuda depuis 1991, après une interruption de 24 ans.
Plusieurs associations d'anciens étudiants réunissent les diplômés issus de l'université de Tōkyō. L'établissement organise annuellement le second samedi de novembre sur le campus de Hongō une rencontre d'anciens étudiants, l'édition 2008 en attirant par exemple 3 600. Ces associations sont aussi présentes à l'étranger et 18 d'entre elles sont présentes dans huit pays hors du Japon.
L'université de Tōkyō est l'établissement japonais qui accueille le plus grand nombre d'étudiants étrangers au Japon, ces derniers représentant près de 15 % de ses effectifs. Les Chinois comptent pour près de 30 % de ces étudiants étrangers, suivis des Sud-Coréens qui comptent pour 23 %. Les étudiants européens en représentent 9 % et les Nord-Américains 3 %. En 2009, 2 555 étudiants de 97 pays ont ainsi été accueillis. La même année, 312 étudiants de l'université sont partis pour un séjour d'étude à l'étranger, avec comme principales destinations l'Europe (138 étudiants), l'Amérique du Nord (107 étudiants) et l'Asie (46 étudiants).
Les mobilités internationales concernent aussi les chercheurs, avec pour l'année 2008 3 570 visites enregistrées de chercheurs étrangers à l'université et 9 130 visites enregistrées de chercheurs de l'université à l'étranger.
Des relations de plus grandes ampleurs sont aussi entretenues avec d'autres établissements ou pays. L'université dispose ainsi depuis 2005 d'une représentation permanente à Pékin et, depuis 2007, un partenariat renforcé a été signé avec l'université Yale. Elle organise annuellement et en partenariat avec une autre université de recherche étrangère un forum, le « Todai Forum », depuis 2000, le premier du genre s'étant tenu avec le MIT. L'université est aussi membre de plusieurs réseaux d'universités, comme l'« International Alliance of Research Universities » ou l'« Association of Pacific Rim Universities ».
Les recherches menées à l'université sont financées par des acteurs publics comme privés. En 2005, le ministère japonais chargé de la recherche a financé 3 924 projets portés par l'université, pour un coût total de 21 348 millions de yens. La même année, des partenaires privés ont participé avec l'université à 850 programmes de recherche pour un total de 4 106 millions de yens, et l'université a répondu à 953 contrats de recherche pour un financement de 22 453 millions de yens. Les financements de départements de recherche ont aussi augmenté pendant les années 2000, passant de 10 départements concernés en 1999 à 17 en 2006, et le nombre de projets de recherches cofinancés passant de 9 à 55 entre 1999 à 2006.
Les recherches conduites à l'université ont mené à un total de 235 brevets déposés au Japon et 236 à l'étranger pour l'année 2009.
L'université est classée dans plusieurs palmarès universitaires. En 2009, le classement de l'université Jiao-tong de Shanghai classait l'université de Tōkyō à la 22e place mondiale et plus particulièrement à la 7e place pour la recherche en physique et à la 10e place pour la recherche en chimie. Le classement QS World University Rankings place en 2009 l'université à la 22e place mondiale et plus particulièrement à la 8e pour les sciences naturelles et à la 6e place à pour l'ingénierie et les technologies. Le classement de l'école des mines de Paris place l'université en 2009 à la première place mondiale et le Global University Ranking à la 3e place mondiale la même année.