L'université est structurée pour ses activités d'enseignement et de recherche en facultés de 1er cycle (学部,facultés de 1er cycle?), qui ont la charge des étudiants de 1er cycle universitaire, en facultés de cycles supérieurs (研究科, kenkyūka?), désigné aussi sous l'appellation de graduate school, qui ont la charge des étudiants de 2e et 3e cycle universitaire, ainsi qu'en instituts de recherche(研究所, kenkyūsho?) qui sont chargés d'une partie de la recherche. L'université compte aussi dix-sept services communs, qui centralisent certaines des activités transversales de l'établissement.
L'un des bâtiments de la faculté d'ingénierie sur le campus de Hongō
L'université compte dix facultés de 1er cycle (学部,facultés de 1er cycle?) et quatorze facultés de cycles supérieurs (研究科, kenkyūka?) :
les facultés de droit (法学部 et 法科大学院) remontent à la mise en place en 1872 et 1873 de deux écoles de droit, la première par le ministère de la Justice et la seconde par le ministère de l'Éducation. Le premier cycle est structuré en trois départements de droit privé, de droit public et de sciences politiques ; le second cycle est divisé en deux branches, une école de droit et une école d'études politiques et légales. Cette dernière école comporte trois divisions de droit positif, de droit constitutionnel et de sciences politiques ;
les facultés de sciences médicales (医科学 et 医学系研究科) trouvent leur origine dans une structure mise en place en 1958. Le premier cycle est divisé en deux écoles, l'une pour la médecine et l'autre pour la formation des infirmières. Les 2e et 3e cycles comptent eux treize départements. Ces structures acceptent annuellement cent nouveaux étudiants pour le premier cycle de médecine, cinquante pour l'école d'infirmières et cent pour les programmes de 2e et 3e cycle ;
les facultés d'ingénierie (工学部 et 工学系研究科) remontent à 1886. Elles comptent en 2002 quelque 2 031 étudiants inscrits en 1er cycle, 1 627 pour le 2e et 1 070 pour le 3e. Le 1er cycle est structuré autour de 17 départements et les cycles supérieurs autour de 19 départements ;
L'un des bâtiments de la faculté de lettres à Hongō
les facultés de lettres (文学部,facultés de lettres?) et de sciences humaines et sociales (人文社会系研究科,sciences humaines et sociales?) remontent à la création de la faculté de lettres en 1877. Le 1er cycle est composé de quatre départements de philosophie et religion, d'histoire, de langues et cultures, et de psychologie et sociologie. Ces quatre départements sont sous-divisés en 27 divisions. Les 2e et 3e cycles sont composés de sept départements de culture générale, de cultures japonaises, de cultures asiatiques, d'études européennes et américaines, d'études socio-culturelles, de cultures coréennes et d'étude des ressources culturelles. Ces sept départements sont sous-divisés en 35 divisions ;
les faculté de sciences (理学部 et 理学系研究科) remontent à 1877. Elles sont structurées en dix départements pour le 1er cycle et six départements pour les cycles suivants (physiques, astronomie, sciences de la terre et des planètes, chimie, biophysique et biochimie, et sciences biologiques) ;
les facultés d'agricultures (農学部 et 農学生命科学研究科) ont pour origine une école mise en place par le ministère de l'Intérieur en 1874 et intégrée à l'université en 1890. Le 1er cycle est structuré autour de trois départements de sciences du vivant appliquées, de sciences environnementales et de gestion des ressources, et de médecine vétérinaire. Les 2e et 3e cycles sont eux structurés autour de douze départements ;
les facultés d'économie (経済学科部 et 経済学研究科) trouvent leur origine dans un cours d'économie mis en place en janvier 1878 au sein de la faculté de lettres, puis rattaché à la faculté de droit à partir de 1885. Le 1er cycle compte trois divisions d'économie, d'administration, et de finance. Les 2e et 3e cycles comptent cinq divisions d'économie théorique, d'étude de l'économie contemporaine, de management, d'histoire de l'économie, et de finance ;
les facultés d'arts et sciences (教養学部 et 総合文化研究科) ont un fonctionnement particulier au sein des facultés de l'université. Tous les étudiants de 1er cycle suivent les deux premières années de leur scolarité au sein du programme initial de la faculté d'éducation (教養学部前期課程,programme initial de la faculté d'éducation?) qui compte six départements, trois spécialisés en sciences et trois en humanités. Les deux années suivantes du premier cycle sont propres aux étudiants de cette faculté, qui compte six départements d'études culturelles interdisciplinaires, d'études régionales, de relations sociales et internationales, de sciences fondamentales, de systémique et de sciences cognitives. Les 2e et 3e cycles sont composés de cinq départements de sciences de l'information et du langage, d'études culturelles interdisciplinaires, d'études régionales, d'études sociales et internationales, et de sciences multidisciplinaires ;
les facultés de sciences de l'éducation (教育学部 et 教育学研究科) trouvent leur origine dans un département d'éducation créé en 1919 au sein de la faculté de lettres. La faculté pour le 1er cycle ouvre en 1949 et en 1953 pour les 2e et 3e cycles. Le 1er cycle compte 6 départements et les cycles suivants onze ;
les facultés de sciences pharmaceutiques (薬学部 et 薬学系研究科) sont structurées en deux départements de pharmacologie et de sciences pharmaceutiques pour le 1er cycle et en trois départements de chimie, de biologie et de technologie pour les 2e et 3e cycles ;
la graduate school de mathématiques (理科学研究科,graduate school de mathématiques?) est chargée de la formation en mathématique dès la fin des deux premières années de la faculté d'arts et sciences. Elle a été créée en 1992 par la réunion des départements de mathématiques d'autres facultés et compte quatre départements d'algèbre, de géométrie, d'analyse et de mathématiques appliquées ;
la graduate school des sciences de pointes (新領域創成科学研究科,graduate school des sciences de pointes?) a été créée en 1998 sur le campus de Kashiwa et compte douze départements ;
la graduate school des sciences et technologies de l'information (情報理工学系研究科,graduate school des sciences et technologies de l'information?) a été créée en avril 2001. Elle est structurée en six départements d'informatique, de mathématiques discrètes, de physiques et d'informatiques appliquées à l'information, à l'ingénierie de l'information et de la communication, de mécano-informatique et d'informatique créative ;
la graduate school d'études interdisciplinaires de l'information (情報学環・学際情報学府,graduate school d'études interdisciplinaires de l'information?) a été créée en 2000 et compte dix divisions ;
la graduate school d'administration publique (公共政策大学院,graduate school d'administration publique?) a été crée en 2004 et compte cinq divisions.
Instituts de recherche
L'Institut de sciences médicales (医科学研究所,Institut de sciences médicales?) existe depuis 1967 et est structuré en trois départements de microbiologie et immunologie, d'étude du cancer et de sciences médicales fondamentales. Il compte environ 650 personnes, chercheurs et postdoctorants compris, et 300 étudiants de second et 3e cycle venant des facultés de médecine, de physique, d'agriculture, d'arts et sciences, de pharmacologie, de sciences de l'information et de sciences de pointe.
L'Institut de recherche sur les tremblements de terre (地震研究所,Institut de recherche sur les tremblements de terre?) a été créé en 1925, à la suite du tremblement de terre de 1923, et développe ses activités dans l'étude des phénomènes liés aux séismes et au volcanisme. Il est structuré en quatre départements de mécanique terrestre, de dynamiques globales, de suivis et de traitement informatique des géosciences, et de réduction des risques naturels.
L'Institut de culture orientale (東洋文化研究所,Institut de culture orientale?) est structuré en quatre départements d'études sur l'Asie de l'Ouest, l'Asie du Sud, l'Asie de l'Est et le panasiatisme, et fait appel aux sciences humaines et sociales. Les sujets d'étude portent sur la restructuration des industries traditionnelles en Asie, sur la perception et les théories liées au bien-être, sur la construction du concept de beauté en Asie et sur le développement d'une bibliothèque électronique pour les livres asiatiques.
L'Institut de sciences sociales (社会科学研究所,Institut de sciences sociales?) est structuré en quatre départements d'études comparatives traitant des législations, politiques, économies et sociétés contemporaines. Deux projets d'études transdisciplinaires ont été lancés en 2005, traitant des phénomènes régionalistes et de développement du concept d'espoir.
L'Institut de sciences industrielles sur le campus de Komaba II
L'Institut de sciences industrielles (生産技術研究所,Institut de sciences industrielles?) est structuré en six départements de recherche et compte sept centres de recherche propres, trois centres de recherche en collaboration ainsi que six implantations de recherches à l'étranger, pour un total de 120 groupes de recherche. 700 étudiants de 2e et 3e cycles suivent ces formations. Il travaille dans des domaines qui vont des nanotechnologies aux matériaux résistants aux séismes ou à la robotique maritime.
L'Institut d'historiographie (史料編纂所,Institut d'historiographie?) est spécialisé dans l'historiographie japonaise. Il est structuré en cinq départements, dont trois qui couvrent les époques modernes, médiévales et antiques, ainsi deux qui s'occupent spécifiquement des documents et journaux, et des matériaux spéciaux.
L'Institut des biosciences moléculaires et cellulaires (分子細胞生物学研究所,Institut des biosciences moléculaires et cellulaires?) a été créé en 1953 et restructuré en 1993. Il compte trois départements de biologie moléculaire, de biologie cellulaire et de biologie structurelle. Il accueille des étudiants des facultés d'agriculture, de physique, de pharmacologie, de médecine, d'ingénierie et des sciences de pointe.
L'Institut pour la recherche sur les rayons cosmiques (宇宙線研究所,Institut pour la recherche sur les rayons cosmiques?) est structuré en trois départements d'étude sur l'astrophysique, les rayonnements cosmiques de haute énergie et sur la physique des neutrinos et des particules astrales. Il gère plusieurs observatoires au Japon et à l'étranger.
L'Institut pour la physique des états solides (物性研究所,Institut pour la physique des états solides?) est structuré en cinq départements d'études qui portent sur les nouveaux matériaux, la théorie de la matière condensée, les nanosciences, la physique des conditions extrêmes et la spectroscopie avancée.
L'Institut de recherche océanographique (海洋研究所,Institut de recherche océanographique?) a été créé en 1962, il compte six départements de physique océanographique, de chimie océanographique, de géosciences du plancher océanique, de dynamiques des échos systèmes marins, de biosciences maritimes et de ressources du vivant.
L'Institut de recherche sur les sciences et technologies avancées (東京大学先端科学技術研究センター,Institut de recherche sur les sciences et technologies avancées?) a été créé en 1987 sur le campus de Komaba II en tant que centre de recherche mutualisé et intégré à l'université en 2004. Les recherches tournent autour de quatre axes : « matériaux, environnement, production », « réseaux sociaux, connaissance, marketing », « information, système sensoriel, créativité » et « biotechnologies, sciences humaines, coexistence ».
Composantes communes
Bibliothèques
Les fonds de l'université sont gérés par un système commun et structurés autour de trois bibliothèques principales, auxquelles s'ajoutent 34 bibliothèques rattachées à des départements ou à des instituts de recherche. Elles comptent quelque 8 800 000 de livres et leurs fonds augmentent à la vitesse de 170 000 volumes et de 152 000 périodiques par an. Les services de la bibliothèque ont été réformés une première fois en 1961 par le professeur Kishimoto Hideo grâce à un don de 84 millions de yens de la part de la fondation Rockefeller, puis de nouveau en 1982 par le professeur Urata Takeo.
La bibliothèque principale sur le campus de Hongō
La bibliothèque centrale est située sur le campus de Hongō. Elle a été reconstruite en 1928 après le tremblement de terre de 1923. Elle compte en 2010 1 186 221 volumes et 19 965 titres de périodiques consultables sur 18 097 m2 et dépense annuellement 1 279 198 000 yens en investissements. Plusieurs collections spéciales y sont entreposées, dont 18 800 livres offerts par l'auteur Ōgai Mori, ou encore 96 000 volumes datant de l'époque Edo offerts par une branche de la famille Tokugawa.
Les deux autres bibliothèques principales sont celle du campus de Komaba et celle du campus de Kashiwa. La bibliothèque du campus de Komaba a été inaugurée en 2002. Elle compte en 2010 quelque 992 441 volumes et 4 993 titres de périodiques consultables sur 9 646 m2 et investit annuellement 69 035 000 yens. La bibliothèque du campus de Kashiwa a elle été inaugurée en 2005. Elle compte en 2010 quelque 319 248 volumes et 17 854 titres de périodiques consultables sur 5 666 m2 et dépense annuellement 18 732 000 yens.
Les bibliothèques des départements et des instituts comptent plusieurs collections particulières, dont notamment 312 livres provenant de la collection privée de l'économiste anglais Adam Smith, 303 documents (travaux, traductions, recherches) de Lafcadio Hearn ou 1 124 livres de la collection privée de l'économiste allemand Ernst Engel conservés dans la bibliothèque de la faculté des lettres de la graduate school de sciences humaines et sociales.
Musée
L'annexe du musée à Koishikawa où est présentée une partie des expositions
L'université compte un musée depuis 1997. Celui-ci est le premier musée universitaire à être créé au Japon, suite à la restructuration du centre de dépôt des matériaux de recherche de l'université, créé en 1966. Le but de celui-ci est de fournir des services aux différentes composantes de l'université en ce qui concerne la collecte, la conservation et l'utilisation de matériaux de recherche de type naturels, culturels ou historiques, mais aussi de présenter ces fonds à un large public.
Les fonds sont composés en 2010 de 6 400 000 pièces, dont 243 000 situées dans le bâtiment du musée sur le campus de Hongō et présentées dans les 8 759 m2 de celui-ci. Le musée dispose par ailleurs d'une annexe à Koishikawa, dans le même arrondissement que le campus, utilisée pour certaines expositions temporaires. Une partie des fonds est aussi accessible via une présentation numérique sur le site internet du musée.
Le musée utilise ses collections dans un but de recherche, d'éducation et de formation, ainsi que dans le cadre d'expositions. Il émet aussi des publications concernant ses activités, avec en 2010 un total de quarante volumes de bulletins de recherche, six volumes de rapports de fouilles, cinq volumes de rapports de recherches et deux volumes de monographies de musée. Des formations sont aussi organisées par le musée pour les conservateurs de musée.
Jardins botaniques
Les serres du jardin de Koishikawa
L'université compte deux jardins botaniques qui sont gérés par la graduate school de sciences. Le principal se situe à Koishikawa, dans le même arrondissement que le campus de Hongō et le jardin satellite à Nikkō, dans la préfecture de Tochigi. Ils sont utilisés pour la recherche et la formation, et sont ouverts au public.
Le jardin botanique de Koishikawa est le plus ancien du Japon, son origine remontant à 1684 avec la mise en place d'un herbier médicinal par le shogunat Tokugawa. Ses collections comptent 4 000 spécimens vivants, dont 1 400 espèces d'arbres, 1 500 espèces d'herbacés, ainsi que 1 100 autres espèces tropicales et subtropicales, le tout réparti sur les 16,16 ha du parc. Le fonds de recherche compte aussi quelque 20 000 livres, ainsi qu'environ 1 000 000 de spécimens, principalement de ptéridophytes, de gymnospermes et de gamopétales. Plusieurs spécimens y sont cultivés dans le cadre de la préservation d'espèces en danger ou dans le but de réintroductions futures, avec récemment des opérations de sauvegarde dans les Îles Bonin ou à Yakushima.
Le jardin botanique de Nikkō rassemble les collections de plantes alpines. Il a été ouvert en 1902, puis agrandi en 1950 pour atteindre une surface de 10,45 ha. Les fonds comptent quelque 2 200 spécimens, dont 130 spécimens de ptéridophytes, 70 spécimens de gymnospermes et 2 000 spécimens d'angiospermes.
Hôpitaux
L'université compte deux hôpitaux, l'un généraliste et l'autre axé sur la recherche. Jusqu'en 2000, ils étaient au nombre de trois, mais les deux hôpitaux généralistes ont fusionné cette année-là.
L'hôpital universitaire a été créé sous sa première forme en 1858 comme centre de vaccination. Il est déplacé à Hongō en 1876 et intégré à l'université lors de sa création l'année suivante. Il prend son nom actuel en 1947. Plusieurs travaux d'agrandissement sont effectués à partir des années 1990, avec l'ouverture d'une aile pour les consultations externes en 1994, d'une aile pour les patients hospitalisés en 2001 et d'un centre clinique en 2006. L'hôpital compte 1 810 employés en 2006 pour quelque 1 210 lits. 763 672 patients ont été traités en consultations externes en 2005, ainsi que 388 027 qui ont suivi un traitement à l'hôpital.
L'hôpital de l'institut de sciences médicales a été créé sous sa forme initiale en 1894 comme l'une des composantes de l'institut d'étude des maladies contagieuses pour servir de lien entre le traitement des patients et les activités de recherche. Ce rôle est confirmé lorsque l'institut est réorganisé en 1967. Il compte en 2010 135 lits et fonctionne aussi avec d'autres unités de l'hôpital principal. Les activités de recherche se concentrent sur le traitement des cancers et des maladies infectieuses comme le sida.