Les grands alligators mâles sont des animaux solitaires et territoriaux. Les alligators plus petits se trouvent souvent en grand nombre tout près les uns des autres. Les plus gros de l'espèce (mâles et femelles), défendent leur territoire proche ; les petits montrent une tolérance plus grande à l'égard des autres alligators d'une taille voisine de la leur.
Bien que les alligators aient un corps pesant et des métabolismes lents, ils sont capables de courtes pointes de vitesse, en particulier pour une attaque rapide. Leurs proies favorites sont les petits animaux qu'ils peuvent tuer et avaler d'une seule bouchée ; ils peuvent cependant tuer des proies plus grandes, en les attrapant et en les tirant dans l'eau pour qu'elles se noient. Les alligators consomment de la nourriture qui ne peut être mangée en une seule bouchée en la laissant pourrir ou bien en la mordant et en l'agitant sauvagement jusqu'à en arracher des morceaux.
Dans une mâchoire d'alligator, la plupart des muscles sont faits pour mordre les proies et les agripper. Les muscles qui referment les mâchoires sont d'une puissance exceptionnelle, mais ceux qui les ouvrent sont en comparaison relativement faibles. C'est ainsi qu’un homme adulte peut à mains nues tenir un alligator la mâchoire fermée. En général, une bande de ruban adhésif suffit pour empêcher un adulte d'ouvrir ses mâchoires. C'est une des méthodes les plus couramment utilisées quand des alligators doivent être capturés et transportés, ou quand, pour toute autre raison, on doit les empêcher de mordre.
Les alligators sont généralement craintifs devant les humains et ont tendance à s'en aller ou à se jeter à l'eau, si l'on s'approche. Cette attitude conduit malheureusement certaines personnes à s'approcher des alligators et de leurs nids d'une façon qui peut inciter ces animaux à attaquer. Dans plusieurs endroits il existe des lois fédérales qui interdisent de nourrir les alligators là où ils se trouvent, ce qui ne veut pas dire que tout le monde respecte l'interdiction. Quand ils sont nourris, en effet, les alligators finissent par perdre leur crainte devant l'homme et ils peuvent donc décider de s'approcher des habitations humaines plutôt que de s'éloigner.
Animal amphibie, l'alligator passe de très longs séjours dans l'eau, soit qu'il chasse à l'affut, soit tout simplement qu'il dorme. Il peut rester totalement immergé un quart d'heure. Puis, tout en chauffant le dessus de son crâne au soleil, il se dissimule habilement dans l'eau. Son immobilité, son aspect, le font passer pour un bois flottant.