La Russie soviétique connaît alors les débuts de la NEP. Le beau-frère de Tatiana, Youri Byalinski, est professeur à l'École des Vignes de Yalta. Les locaux ne conviennent plus et l'industrie vinicole en Union Soviétique se réorganise sous l'impulsion de la Nouvelle Politique Economique. Des contacts sont renoués avec les Occidentaux et en particulier l'Institut d'Agronomie de Rome. Des intérêts privés ayant repris le contrôle de l'École des Vignes à Yalta, les autorités italiennes sont favorables à une coopération. À la fin de l'année 1925, Messager s'installe à Théodosie, au bord de la mer Noire, avec sa femme Tatiana, pourtant très hostile aux Soviets. Il dessine et supervise de très près la construction de la nouvelle École des Vignes. Messager reste fidèle au plan unique, systématise son emploi du "grado". L'ensemble comprend plusieurs bâtiments dont la maison du directeur de l'école qui suscitera une polémique quarante ans plus tard, lorsque sera révélée la grande similitude entre cette villa de 1926 et la célèbre Villa Blanquart, à Biarritz, bien postérieure.
Après l'École des Vignes, les autorités soviétiques recherchent les services de Messager et lui propose de s'intéresser à Ekaterinbourg alors en plein essor industriel. Les Messager y passeront trois ans, jusqu'à l'année 1929. Anne-Claus y construira la Maison de l'Electricité, l'École Communale n 107, le Lenin Mir, le Dôme de la Révolution. Tous disparus dans les bombardements de la Luftwaffe de 1941-42. Ce sont ces bâtiments que les architectes contemporains ne connaissent pour la plupart que d'après les clichés du fonds Grossman, qui vont faire de Messager l'architecte à la fois le plus copié et le plus méconnu de sa génération. Le Lenin Mir a sans doute inspiré le United Nations Building à New York, à ce sujet la correspondance Le Corbusier-Breuer est assez éloquente. En octobre 1929, Messager, sous la pression de Tatiana, souhaite rentrer en Occident. Mais Lénine est mort et Staline renforce son contrôle sur la société russe. Un des chefs du NKVD (ou Guépéou jusqu'en 1934), originaire d'Ekaterinbourg et admirateur du travail de Messager, profitant de la nationalité "soviétique" de Tatiana, soumet l'émission d'un passeport de sortie au nom de Tatiana Messager à la condition d'un ultime travail d'Anne-Claus. Il s'agit de la très controversée Maison Centrale des Enquêtes du NKVD, futur KGB, dirigé par le colonel Chtchoubanski, cousin de Béria. Aucune image, aucun plan (Messager a toujours refusé de les redessiner de mémoire) n'existent de cette œuvre de Messager. Un seul témoignage, celui d'un architecte russe, Viktor Kadachenko, nous permet de nous faire une idée :
"Jamais la destination d'un bâtiment n'a été aussi éloignée du génie qu'il a fallu pour le concevoir. Chaque fois que je sortais de ma cellule, (un miracle d'intelligence de six mètres carré seulement), et que je traversais les coursives, jusqu'au « bloc » des Enquêtes, j'étais émerveillé par cette architecture, comme si une civilisation supérieure avait construit tout ça, une civilisation supérieure pour laquelle j'étais une bestiole de laboratoire, un cobaye destiné à une expérience intitulée Résistance à l'absurde et à l'injustice chez le mammifère."
(in "Dans le palais des bourreaux", de Iasha Stern, trad. Sophie Forêt, Flammario, 1979)
Enfin, au printemps 1930, les Messager sont autorisés à quitter l'Union Soviétique.