Depuis la libéralisation européenne des chemins de fer, les droits d'exploitation des lignes sont accessibles à toutes les entreprises de transport ferroviaire (ETF). Depuis 2003, CFF Cargo circule entre les ports de la mer du Nord et le nord de l'Italie et mise, pour ce faire, sur une responsabilité intégrale du transport. C'est dans ce but qu'elle a créé des filiales en Allemagne et en Italie. Ces entreprises opèrent avec leurs propres locomotives et leur propre personnel dans les pays concernés. CFF Cargo est donc soumise à la concurrence directe des autres sociétés de chemins de fer en Allemagne et en Italie.
En prenant cette décision stratégique, CFF Cargo s'est très tôt positionnée sur l'axe Nord-Sud européen comme un prestataire transfrontalier de qualité («d'un seul tenant») et a pu augmenter chaque année de manière significative le volume de marchandises transportées et le chiffre d'affaires dans le secteur international. L’entrée sur les marchés allemand et italien a toutefois entraîné d’importants coûts d'investissement et de mise en place. La concurrence intensive sur l'axe Nord-Sud s’est traduite par une forte pression sur les prix. C’est pourquoi CFF Cargo n'a pas pu atteindre les prix requis pour les prestations fournies. La perte de trafics de transit lucratifs sur l'ancien parcours à travers la Suisse, constituant autrefois le monopole de la société, s'est produite plus vite que prévu et a entraîné une adaptation répétée des structures de coûts par le biais d’une réduction de personnel. La structure des coûts de CFF Cargo, de taille moyenne pour l’Europe, est toujours défavorable et enregistre de ce fait régulièrement des résultats négatifs.
Les CFF avaient pour projet de renforcer la rentabilité et l’autonomie financière de son secteur marchandises avec des participations de grandes compagnies ferroviaires internationales. Celui-ci ayant échoué, CFF Cargo se concentre aujourd'hui sur le scénario alternatif du développement autonome, qu’elle a élaboré en parallèle. Le 4 juillet 2010, CFF Cargo annonce la création au 1 janvier 2011, d'une nouvelle entreprise de transport par chemin de fer avec la société Hupac (entreprise de ferroutage), SBB Cargo International, dont les CFF détiendront 75% du capital. La nouvelle entreprise se concentrera sur la circulation de trains complets et de trains du trafic combiné entre l’Allemagne et l’Italie. L’optimisation des ressources fondée sur des relations triées sur le volet et la division par deux des coûts structurels devraient permettre d'atteindre une position de leader en matière de coûts dans le segment TC. Les clients de la nouvelle société sont principalement des opérateurs du trafic combiné qui devraient générer environ 80% du chiffre d'affaires global, estimé à CHF 300 millions.
A cet effet, 110 locomotives de ligne du parc CFF Cargo actuel seront louées dans un premier temps, dont 60 locomotives modernes polycourant destinées au trafic transfrontalier. L’élément central de la stratégie de l’entreprise est l’augmentation de la productivité des locomotives et des mécaniciens. Cela doit passer, d’une part, par un système de production cadencé avec un roulement élevé des locomotives et une réduction des temps d’immobilisation, et, d’autre part, par une concentration sur les liaisons à forte fréquentation. D’ici à 2013, l’entreprise doit devenir rentable et être en mesure de procéder elle-même à des investissements à moyen terme.
Ce détachement entraîne également des changements au sein de l'actuelle CFF Cargo SA. Celle-ci se concentrera désormais sur le trafic intérieur suisse ainsi que sur les transports à l'importation/exportation, en coopération avec d’autres entreprises ferroviaires. Le réseau existant du trafic de marchandises par wagons complets sera maintenu dans ses proportions actuelles. Avec une orientation accrue sur les branches et les gros clients, CFF Cargo veut davantage axer son offre sur le marché. 15 grands clients réalisent déjà 59% du chiffre d’affaires, utilisent 74% des points de desserte et réservent 77% des types de wagons. Une part importante de l’offre actuelle constitue ainsi une base de départ.