Des médicaments antiparasitaires tel que le Praziquantel et l’Albendazole peuvent être utilisés pour traiter la neurocysticercose. Les Stéroïdes et les médicaments anti-inflammatoires sont également souvent prescrit en complément pour réduire l’œdème cérébral qui résulte des attaques du système immunitaire contre les vers morts. La question de savoir si les patients tirent bénéfice du traitement est encore controversée, parce que les cysticerques vivants ne provoquent pas de crises d’épilepsie ; seuls les parasites morts ou mourants suscitent une réponse inflammatoire et des crises. En théorie, donc, le traitement d'un patient avec des drogues qui tuent les parasites vivants peut induire des crises chez quelqu'un qui était auparavant en bonne santé et ne présentait pas de crise ; de même, traiter quelqu'un qui présente des crises peut n’avoir aucun effet positif parce que les parasites sont déjà morts et qu’aucune amélioration ne peut être espérée. Une méta-analyse de 11 essais cliniques suggère qu'il y a probablement un léger avantage pour les patients qui ont des lésions actives, mais aucun avantage pour ceux qui ont seulement des lésions mortes ou inactives.
Si le kyste est localisé dans certains endroits, tels que l'œil ou le cerveau, les stéroïdes peuvent être prescrits quelques jours avant le traitement antiparasitaire, afin d'éviter les problèmes provoqués par l’œdème. Si l’œdème et la réaction immunitaire ne sont pas jugulés, le traitement lui-même peut avoir des conséquences mortelles, ainsi le médicament est-il donné à faible dose pendant plusieurs jours. Parfois la chirurgie peut être nécessaire pour enlever la zone infectée ou les kystes, mais ceci peut être impossible quand ils sont situés dans des régions dont l'accès chirurgical est difficile ou dangereux. En outre, il existe des médicaments pouvant traiter certains symptômes, tels que les crises ou les troubles du rythme cardiaque sans atteindre les vers.
Si les cysticerques sont calcifiés dans le cerveau, ou s'il y a seulement une lésion, le traitement n'est pas indiqué