Construction de l'église
Avant la construction du bâtiment actuel, il y aurait eu une chapelle dans le quartier des Barres (nom du quartier à l'époque), en 1524. Le roi François I voulait construire dans se quartier une église dédiée à saint François de Paule, un saint que les rois préféraient à l'époque. On ne sait pas qui est à l'origine de l'église, mais on en attribue les plans à Jérôme Bellarmato, architecte italien chargé de fonder le quartier. La construction de l'église commence en 1542. Les chantiers sont interrompus par les guerres de religion (comme les chantiers de l'actuelle cathédrale Notre-Dame du Havre), et le projet initial n'aboutit pas ; l'église actuelle et certainement plus petite que dans les plans primitifs de l'édifice. En 1638, l'église est consacrée, bien que l'édifice ne soit pas terminé. En 1687, le chœur est construit.
À l'origine, l'église est sous le vocable de saint François de Paule, mais celui-ci a été remplacé (dans les sources) par saint François d'Assise qui à l'époque (début du chantier) était inconnu dans le diocèse de Rouen. En fait, cela est dû à l'arrivée des capucins en 1590, qui s'installèrent dans le quartier. Aujourd'hui, l'église est connue comme « église Saint-François d'Assise ».
L'église Saint-François du XVII siècle jusqu'à aujourd'hui
L'église Saint-François est une succursale de l'église Saint-Michel d'Ingouville (tout comme la la cathédrale Notre-Dame) jusqu'à la Révolution. Sous le Premier Empire, l'église a sa propre paroisse. En 1793, l'église est en mauvais état : toiture dégradée et vitraux cassés. En 1802, l'église est restaurée par l'architecte Bouvard : remise en état de la toiture et restauration des vitraux. En 1806, les toitures des chapelles sont remplacées par une seule toiture par bas-côté.
En 1841, une nouvelle façade-porche à trois travées surmontée d'un petit clocher est construit. De l'ancienne tour, on sait peu de choses sauf que c'était une « masse informe de caillou noir, il semblait excru sur la façade comme une verrue sur un visage. » (Jean Benoît Désiré Cochet). En 1861, une petite sacristie est construite au bout de la nef latérale nord par l'architecte Émile Platel. Le 5 septembre 1944 lors du bombardement de l'aviation britannique (RAF), le quartier Saint-François est ravagé. Une torpille qui tombe dans la rue Percanville détruit, par sa proximité de l'église, trois travées de la nef et quatre chapelles, et endommage gravement la sacristie. Après la guerre, l'église est restaurée et la sacristie reconstruite : en septembre 1954, les voûtes sont refaites entièrement après avoir était endommagées par les bombardements, en 1955 et 1956, le porche et son clocher sont démontés et restaurés (la façade est remise en place le 25 avril 1956). Après, toutes les chapelles sont reconstruites et, en 1961, des nouveaux vitraux sont placés
