Aucune résistance monogénique de type R/Avr n'a été identifié pour le pathosystème E. amylovora/Maloidées. Les résistances sont d'origine multigénique et d'intensité diverses : certaines variétés de pommier et poirier présentent une résistance quasi-totale à Erwinia amylovora.
Les méthodes de lutte actuelles sont essentiellement prophylaxiques : élimination des débris végétaux infectés, des chancres sur les troncs, utilisation de variété résistante (par exemple la variété de poire Passe-Crassane est interdite en raison de sa très forte sensibilité).
Des éliciteurs des défenses naturelles sont efficaces contre la maladie, c'est notamment le cas du Bion (Syngenta, principe actif: acibenzolar-S-methyl). Cependant, ce produit n'est pas actuellement homologué pour cet usage.
Il faut mentionner aussi la lutte au moyen de bactériophages spécifiques des bactéries de la famille des Enterobacteriaceae comme Erwinia. La firme OmniLytics a par exemple fait approuver par l'EPA (Etats-Unis d'Amérique) le produit AgriPhage qui est actif contre la plupart des bactéries nuisibles en agriculture et horticulture.
Bactérie antagoniste
Pour soigner ou limiter les dégâts sur la culture infectée, on peut volontairement introduire une bactérie inoffensive pour la plante mais qui présente des antagonismes forts : Erwinia herbicola.