Les méthodes les plus efficaces sont le ramassage des fruits encore mûrs et leur emballement systématique, le ramassage des fruits tombés à terre et leur destruction, la limitation de leur transport et la destruction de tous les mâles dans les petites île comme à Nauru.
La pulvérisation d'un mélange de protéines et d'insecticide tous les sept jours à partir d'un mois avant la maturation des fruits sur une surface équivalent à un mètre carré de feuillage d'une espèce hôte est suffisant pour éliminer les femelles. Celles-ci, matures ou non, viennent manger les protéines et meurent en ingérant l'insecticide. Cette méthode a très peu d'impact sur les autres espèces animales car elle n'est destinée et n'affecte que la mouche de la mangue et seule une petite quantité de produit est utilisé. Les fruits en eux-mêmes ne sont pas pulvérisés et seule une toute petite partie du feuillage est atteinte par le produit. Toutefois, cette méthode n'est pas applicable aux petites îles du Pacifique qui possèdent souvent des écosystèmes fragiles.
La méthode la plus efficace pour éviter l'infestation d'un nouveau territoire est la fumigation des fruits mais elle est de moins en moins appliquée depuis qu'un des composé est interdit. Une autre solution est de soumettre les fruits à une forte chaleur (bain de vapeur ou d'eau chaude) qui tue les stades larvaires de la mouche de la mangue.
Des quarantaines pour les fruits sont également pratiquées. Elles consistent simplement à observer le développement de larves éventuellement présentes dans des fruits placés sous cloche.