Les principaux effets secondaires du médicament gastro-intestinal sont :
- la stéatorrhée, c'est-à-dire des selles molles, car l'orlistat bloque l'absorption de certaines des graisses alimentaires. Les matières grasses sont excrétées en l'état dans les selles,
- l'incontinence fécale,
- des diarrhées impérieuses : selles fréquentes ou urgentes,
- Un météorisme, des douleurs abdominales à type de colique et des flatulences.
Les principaux effets indésirables de l'orlistat (Alli ou Xénical) sont liés à la présence de lipide dans l'alimentation. Les pharmaciens formés à cette prescription par les laboratoires conseillent, donc, de diminuer la part lipidique de l'alimentation lors du traitement, ce qui en soit est un régime qui permet une réduction pondérale. Les effets indésirables qui se majorent avec les graisses alimentaires, le prix consacré au traitement et la durée de celui-ci (l'étude Xendos parle de 4 année de traitement soit 2400 Euros pour 2010) sont des facteurs de motivation majeurs pour que les utilisateurs de cette molécule modifient positivement leurs habitudes alimentaires et adopte ainsi le régime qu'ils n'avaient pus mettre en place sans ce traitement.
GlaxoSmithKline recommande aux utilisateurs d'Alli de faire preuve de prudence avec les effets secondaires possibles.
Afin de minimiser ces effets, les aliments à haute teneur en matières grasses doivent être évités . Le fabricant conseille aux consommateurs de privilégier les aliments à faible teneur en gras ou à calories réduites .
Les selles huileuses et les flatulences peuvent être contrôlées par la réduction de la teneur en matières grasses alimentaires quelque part dans la région de 15 grammes par repas.
Selon Roche, les effets secondaires sont plus graves au début de la thérapie et diminuent avec le temps. Cette approche est soutenue par les résultats de l'étude XENDOS, qui a révélé que seulement 36% des personnes ont des effets gastro-intestinaux indésirables au cours de leur quatrième année d'utilisation d'orlistat, alors que 91% des sujets de l'étude ont subi au moins un effet gastro-intestinal indésirable lié au cours de la première année de traitement.
Il a également été suggéré que la diminution des effets secondaires est associée à long terme avec une alimentation ayant une faible teneur en matières grasses.
Le profil d'effets secondaires de l'orlistat a conduit des consommateurs américains du groupe Prescription Access Litigation d'attribuer son premier prix de la pire pilule à GlaxoSmithKline.
Orlistat diminue l'absorption de la beta-carotène de 30% et celle de l'acétate de vitamine E de 60%. Il pourrait avoir les mêmes effets sur les autres vitamines liposolubles comme la vitamine A, D et K.
Certains patients peuvent développer des taux élevés d'oxalates dans les urines.