Structures antérieures
Plusieurs structures de coopération ont créé avant la mise en place de l'université européenne de Bretagne. Certaines des activités de celles-ci ont été reprises par l'UEB à sa création, ou ont servi de base lors de la mise en place de celle-ci.
Plusieurs établissements localisés à Rennes étaient regroupés depuis le 31 octobre 2001 au sein du groupement d’intérêt public « Europôle ». Cette structure était commune aux deux universités de la ville, à l'INSA Rennes, et à l'ENSAR, et d'autres écoles comme l'IEP Rennes, l'ESC Rennes, et l'ENS Ker Lann étaient associées de manière permanente aux travaux de cette structure. L'Europôle concentrait ses activités sur les échanges à l'international. Il a été remplacé par le centre de mobilité internationale de Rennes, une des composantes de l'UEB, à compté de janvier 2009.
A l'échelle de la région, les universités avaient avec les collectivités locales, et suite à une proposition émise en 1999 dans le cadre de la préparation du contrat de plan avec l’État 2000-2006, misent en place fin 2001 l'association « université de Bretagne ». Elle réunissait les présidents des 4 universités de la région, le directeur de l'IUFM de Bretagne, ainsi que le président de la conférence des directeurs des grandes écoles de Bretagne. Elle s'occupait des questions de formation (formation continue, VAE, Doctoriales), du campus numérique, ainsi que de réseau de relations internationales. Elle fut dissoute le 27 aout 2009, la plupart des mission de l'association ayant été transférées à l'UEB. Cette association s'est doublée par une autre association à une échelle plus large avec le « Réseau des universités de l’Ouest atlantique » (RUOA), qui regroupe à partir de les université des régions Bretagne, Pays de la Loire, et Poitou-Charentes, et mis en place début 2001.
Des établissements se sont aussi réunis autour de certains projets plus spécifiques, comme la Génopole Ouest qui associe des organismes de recherche (CNRS, Ifremer, Inserm...), les cinq universités de l'ouest, ainsi que les CHU et des grandes écoles, La Maisons des sciences de l'homme de Bretagne, qui associe les quatre universités bretonnes et plusieurs membres associés, ou le Centre d'excellence Jean Monnet qui associe pour la recherche en droit, économie, géographie/aménagement et histoire portant sur les questions européennes les universités de Rennes 1 et Rennes 2 .
Formation de l'UEB
Suite aux états généraux de la recherche de 2004, la mise en place de structures appelées à structurer la recherche ont été proposée sous la forme de pôle de recherche et d'enseignement supérieur.
Dans un premier temps, un projet de PRES centré autour de la ville de Rennes est projeté en 2005. Cependant, les écoles de l'agglomération soucieuses de conserver leurs identités, et les universités de Bretagne-sud et de Bretagne occidentale soucieuses de ne pas perdre en visibilité internationale, le projet est élargie au cadre régional. Les futurs membres fondateurs de l'Université européenne de Bretagne, dans la continuité des multiples collaborations déjà engagées entre eux, mettent alors un groupe de travail en 2006. Le projet commence à être mis en forme suite à une circulaire du ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche du 10 juillet 2006 qui invite les responsables des établissements d’enseignement supérieur et des organismes de recherche à transmettre au ministère les dossiers de présentation des projets de PRES qu’ils envisagent de mettre en place. Après plusieurs mois de travail, les neufs membres fondateurs déterminent le périmètre d'action du nouvelle ensemble.
Le groupement constitutif du PRES est créé le 1 septembre 2006, puis le 24 novembre 2006 il se prononce pour la création d’un établissement public de coopération scientifique. La loi de programme pour la recherche promulguée le 18 avril 2006 fixe les première orientations, et en Décembre 2006 le gouvernement annonce les neuf premiers pôles de recherche et d’enseignement supérieur, dont l'UEB fait partie. Sa création devient effective par un décret du 22 mars 2007. L'UEB commence alors à se structurer avec le 9 mai 2007 l'élection de son premier président, Bertrand Fortin, alors président de l'université Rennes 1, à l'unanimité lors du conseil d’administration. Le 9 juillet 2007 le conseil d’administration de l'UEB installe ses administrateurs, élit ses vice-présidents, et vote son premier budget. Le 7 février 2008, le groupement se dote d'un logo.
Développement
L'université candidate au début 2008 pour obtenir un financement du plan campus qui vise à rénover l'immobilier des universités françaises. Le projet n'est alors pas retenu fin mai 2008 parmi les 12 lauréats pour la dotation des « campus d'excellence », mais candidate alots pour un financement dans le cadre des financements pour les « Campus Prometteur » pour son projet de campus numérique. Le financement et alors accordé par l'état, à hauteur de 30 millions d'euros, auxquels s'ajoutent en mai 2009 un financement équivalent provenant des collectivités locales, puis en juillet 2009 942 000 euros supplémentaires obtenus dans le cadre du plan de relance.
Le développement foncier de l'université commence à l'automne 2009 avec l'annonce de la construction dans le centre ville de Rennes d'un siège pour l'établissement.
Historique des présidents
Deux présidents se sont succédé à la tête de l'UEB:
| • Bertrand Fortin | 2007–2010 |
| • Guy Cathelineau | depuis 2010 |
