Durant les procédures, le juge Allen est nommé juge en chef à la Cour suprême, où il devra entendre un appel sur les deux procès qu'il a présidés. Le procès commence en février 1876, mais est aussitôt ajourné, l'avocat de la défense Thompson étant absent.
Au même moment, les appuis envers les accusés s'effritent. Timothy Anglin, qui avait défendu les catholiques lors de la Question des écoles du Nouveau-Brunswick, est devenu président de la Chambre des communes du Canada à la suite de l'élection de 1874 et n'a plus la possibilité de participer au débat. Découragé par les événements, Théotime Blanchard avait déjà quitté son siège à l'Assemblée législative à la fin de 1875 pour devenir inspecteur des Poids et mesures dans le Nord de la province. L'évêque de Miramichi ordonne à Joseph Pelletier de quitter la ville ; il devient curé de Saint-François-de-Madawaska. Kennedy Francis Burns, qui a remplacé Blanchard au poste vacant de député de Gloucester en 1874, reste le seul appui politique des accusés.
Le 4 mars 1876, Kennedy Francis Burns demande que soient déposés à l'Assemblée législative les documents relatifs aux dépenses encourues lors des émeutes. Les révélations causent tout un émoi. En tout, le maintien de l'ordre a coûté 9 728,17 $, une somme énorme à l'époque. Entre autres, 2 121,99 $ ont été versés à Robert Young, dont 215,25 $ pour services de télégraphes. Les journaux anglophones News, l'Advance, et le Telegraph, recevaient en effet une description détaillée de tout ce qui se passait à Caraquet. Le gouvernement a également fait des bénéfices de 101,71 $ de la vente aux enchères des fusils saisis, dont quatre venaient de chez André Albert. Burns demande à plusieurs reprises des justifications pour ces dépenses et d'autres députés lui conseillent de consulter le rapport du vérificateur général pour l'année 1875. N'y apprenant rien de plus et découragé, il laisse tomber.
Les audiences recommencent pour de bon en mars. La première cause, R. v. Mailloux et al., est celle de l'émeute du 15 janvier. Thompson répète que plusieurs membres du grand jury étaient inadmissibles à siéger, ayant des liens de parenté avec les constables. De plus, il en appelle de la décision du juge de ne pas admettre en preuve la réunion scolaire du 14 janvier. Selon les appelants, cette réunion explique leur visite chez Blackhall le lendemain 15 janvier, pour poursuivre une réunion qui selon eux avait été ajournée par Blackhall lui-même et que leur intention n'était pas de contrevenir à la loi. La Cour conclut qu'en vertu du Jury Act, l'inclusion de personnes inadmissibles dans un grand jury n'est pas une raison pour invalider sa décision. Deuxièmement, elle maintient que l'on peut présumer l'intention de commettre un acte illégal en tenant compte de la nature des actions commises, dans ce cas-ci, notamment, l'obtention de signatures par la menace et les circonstances de la démission de Blackhall. Le verdict de culpabilité pour émeute est donc maintenu.
Le second procès, R. v. Chiasson, est une procédure inhabituelle et complexe. Dans ce cas-ci, l'appel entendu par la cour est interjeté par le juge en chef en personne. La Cour observe 48 points du premier procès de Joseph Chiasson. Elle conclut que la Couronne, représentée par George E. King, avait le droit de rayer le nom de certaines personnes sur la liste des jurés — dans ce cas-là tous les catholiques —, et ce, en conformité avec les Statuts du Canada, 32 et 33, Vic., c. 29, sect. 38-41. Le deuxième groupe de points concerne les allégations de préjudice de la part de certains membres du petit jury. La Cour conclut que bien qu'il soit possible de contester la participation de certains membres, il n'y a aucune preuve valable pouvant soutenir les allégations de parti pris. Enfin, la plus importante des trois catégories est relative à l'admissibilité et au rejet de certaines preuves. En effet, lors du premier procès, le juge Allen avait rejeté de nombreuses preuves appuyant la défense. Les juges, incluant Allen, reconnaissent qu'un grand nombre de ces preuves auraient pu être admises. Ils reconnaissent aussi que les événements du 15 janvier n'auraient pas dû être utilisés comme preuve à l'appui de la poursuite. De plus, ils conviennent que la Cour aurait dû faire témoigner les autres qui se trouvaient dans le grenier avec Joseph Chiasson, afin de déterminer s'ils étaient dans le grenier pour résister à l'arrestation ou parce qu'ils étaient effrayés.
La Cour suprême ordonne alors que les accusations doivent être annulées et la poursuite arrêtée pour le meurtre de John Gifford. La Cour suprême reconnaît aussi Joseph Chiasson et les autres personnes réfugiées avec lui dans le grenier comme non coupables. Finalement, les juges décident de ne pas imposer de sentence pour le verdict de culpabilité pour émeute le 15 janvier, étant donné le laps de temps écoulé depuis les événements.