L'ossuaire se compose de quatre galeries encadrant une place centrale ; il est large de 32 mètres pour une longueur de 48 mètres. Les trois premières galeries sont réalisées en pans de bois au-dessus d'un soubassement en pierre, les fûts des colonnes sont sculptés de décors de la première Renaissance. La galerie du sud du XVIe siècle est en revanche dépourvue de soubassement et de sculptures. Les galeries sont fermées par des cloisons en pans de bois maçonnés et des fenêtres lors de la construction d'un étage au XVIIIe siècle.
Les poutres sont décorées de motifs macabres, ossements, instruments liturgiques ou encore du fossoyeur, avec des pioches ou cercueils. Les colonnes des galeries ouest et est sont ornées de couples figurant une danse macabre.