D'après les recommandations de l'AFSSAPS (p7), après 8 semaines de traitement bien conduit :
Le délai nécessaire à l’obtention d’une réponse thérapeutique complète est de 6 à 8 semaines. Par conséquent, à l’exception des cas où les patients s’aggravent, l'AFSSAPS recommande de ne pas interrompre un traitement antidépresseur en l’absence d’amélioration avant 4 semaines de traitement à posologie efficace.
L'AFSSAPS recommande également d'associer des consultations en début de traitement, par exemple :
L'AFSSAPS recommande également d'évaluer régulièrement la tolérance et plus particulièrement en début de traitement, tant pour les effets indésirables somatiques que psychiques.
Tous les antidépresseurs présentent la même efficacité clinique selon l'AFSSAPS Mais, cette efficacité est régulièrement remise en cause parce que d'une part de nombreuses études négatives (c'est-à-dire ne prouvant pas l'efficacité de ces médicaments) ne sont pas publiées ce qui fausserait leur évaluation. Et d'autre part, parce que les traitements antidépresseurs ne présentent que de faibles améliorations par rapport au placebo. La différence d'efficacité entre les antidépresseurs et le placebo augmente avec le degré de sévérité de la dépression, mais cette différence reste faible, même pour les dépressions sévères.
De nombreuses études visent à comparer les antidépresseurs entre eux. Il faut néanmoins être très prudent avec ces études avant d'en tirer des conclusions sur l'efficacité réelle des antidépresseurs lorsque ces dernières n'établissent que des comparaisons partielles afin de favoriser les molécules les plus récentes et les plus rentables. Ainsi, une étude réalisée par Cipriani(2009), vise à comparer uniquement 11 antidépresseurs de seconde génération entre eux dans le traitement de la dépression majeure en excluant les tricycliques. Leur objectif est de comparer l'efficacité et la tolérance de ces molécules en corrigeant les résultats des essais thérapeutiques des biais induits par l'influence des laboratoires pharmaceutiques sur les publications médicales p754 (Financement des revues via les publicités diffusées par les revues médicales par ex., biais des résultats de comparaison de molécules en fonction de la firme sponsor,...).
Ces auteurs en utilisant un modèle à effet aléatoire, ont ainsi pu observer qu'il n'y avait aucune différence statistique significative d'efficacité entre le Citalopram, le Minalcipran et le Bupropion et les 7 autres antidépresseurs, à l'exception de la Reboxetine qui est significativement moins efficace que les 10 autres molécules étudiées. En d'autres termes, le Citalopram est aussi efficace que le Minalcipram, le Bupropion, la Sertraline, l'Escitalopram, la Fluoxétine, la Venlafaxine.... mais plus efficace que la Reboxetine. Même raisonnement pour le Minalcipran et le Bupropion. (fig3. p752)
Leur estimation indique que l'Escitalopram, la Mirtazapine et la Venlafaxine sont plus efficaces que la Duxolépine, la Fluoxétine, la Fluvoxamine, la Paroxétine et la Reboxetine. (fig3. p752) Elle indique également que la Sertraline est plus efficace que la Fluoxétine, la Paroxétine et la Reboxetine. Enfin, leur estimation révèle que la Duloxétine et la Paroxétine sont moins bien tolérées que l'Escitalopram et la Sertraline. Par ailleurs les auteurs de cette étude ont bénéficié du soutien financier de nombreux laboratoires. Il convient donc d'interpréter leurs conclusions avec beaucoup de précautions d'autant qu'ils n'ont pas introduit les antidépresseurs tricycliques dans leur analyse qui sont beaucoup moins coûteux et donc moins rentables(p 754).
L'efficacité des antidépresseurs n'intervient que sous 2-3-4 semaines de traitement, ce phénomène physiologique est connu sous le nom de downregulation (en).
Plusieurs personnalités de la psychiatrie française ont souligné la collusion entre l'industrie pharmaceutique et les prescripteurs dans le domaine du traitement de la dépression.