Berneray fait partie de l'archipel des Hébrides extérieures et est située dans le détroit de Harris, en écossais Caolas na Hearadh, qui sépare Harris située au nord-est de l'île de North Uist située au sud. Les autres îles entourant Berneray sont Pabbay au nord-ouest, Ensay et Killegray au nord-est, Torogaigh au sud et Boreray à l'ouest. Berneray est séparée de North Uist par le détroit de Berneray, en écossais Caolas Bheàrnaraigh, et de Pabbay par le détroit de Pabbay, en écossais Caolas Phabaigh.
L'île est de forme allongée, orientée sud-ouest-nord-est. La côte ouest est relativement rectiligne et forme une plage de sable bordée par un cordon dunaire tandis que la côte est est découpée en trois baies : Loch Bhuirgh, Poll an Oir et Loch a Bàigh. Ce littoral est déterminé par le relief de l'île : la moitié ouest est sablonneuse et a une altitude moyenne peu élevée tandis que la moitié est est rocheuse et dominée par trois collines alignées : Beinn a’ Chlaidh, Cnoc Bhuirgh et Beinn Shleibhe, le point le plus élevé de Berneray avec 93 mètres d'altitude. Au contact des deux moitiés de l'île se trouvent deux lacs : Loch Bhrusda qui se déverse dans le Loch Beag Bhirgh qui se vide à son tour dans la baie de Loch Bhuirgh. Dans les deux vallons dominés par les trois collines se logent des habitations qui forment deux hameaux : Borgh et Ruisigearraidh. La seule route de l'île relie ces habitations entre elles et est connectée au réseau routier de North Uist via une chaussée dans le Sud de l'île.
La seule végétation de l'île est formée de prés, de machairs et de landes.