Ces logiciels nécessitent une configuration des protocoles pour communiquer avec un serveur de courrier électronique. Les protocoles utilisés sont décrits ci-après:
Les protocoles de communication utilisés pour la réception sont Post Office Protocol (POP) ou IMAP. Le protocole Simple Mail Transfer Protocol (SMTP) est utilisé par la plupart des serveurs de courriel pour envoyer les messages.
IMAP est un protocole optimisé pour le stockage des courriels sur le serveur, tandis que le protocole POP nécessite le plus souvent que les courriels soient téléchargés sur le serveur.
Un autre standard important utilisé par la plupart des serveurs de courriel est MIME, utilisé pour envoyer des fichiers attachés de type image, document ou autre. Ces fichiers ne font alors pas partie du texte du message en tant que tel, mais sont envoyés en attachement avec ce message.
En plus de ces mécanismes standards disponibles dans tous les logiciels de courrier électronique clients et serveur, il existe des mécanismes d'échange spécifiques à certains système. Par exemple, MAPI est une API propriétaire de Microsoft, utilisés dans certains environnements Windows (par exemple Microsoft Outlook) pour communiquer avec des serveurs de messagerie de type Microsoft Exchange.