L’assemblée générale de la CEVPU du mois de novembre désigne tous les ans un président et une commission permanente. Le président de la CEVPU fait figure de « porte-parole » des vice-présidences des universités françaises confiées à des étudiants. Un Président de la CEVPU est élu pour un an renouvelable une fois.
La commission permanente, sorte de « Bureau élargi » est composée d'un maximum de 15 personnes, qui occupent les postes de :
NB : pour plus de commodité, le découpage des zones d'activité (Nord-Est, Sud-Est, etc.) correspond très exactement à celui défini par le plan de numérotation téléphonique en France.
La commission permanente se réunit tous les mois au siège social de l'association. Elle décide des actions de l’association dans le cadre de la politique générale définie par l’assemblée générale.
La conférence se réunit usuellement trois fois par an lors de « rencontres nationales ». Le reste de l’année, elle se réunit par secteur géographique.
Association indépendante de toute organisation étudiante représentative, la CEVPU n’en est pas moins composée de membres issus de toutes les organisations étudiantes représentatives (toutes celles ayant réussi à placer un adhérent au poste de vice-président d’université). Cette spécificité étant source de convoitises, la CEVPU a prévu dans ses statuts un organisme de veille. Constitué des membres des deux précédentes commissions permanentes, le conseil de surveillance de la CEVPU est le garant du respect des statuts. Chaque année, le président du conseil de surveillance fait un rapport moral sur le bon fonctionnement de l’association dans l’esprit des dits statuts. Il délègue en son sein une personne pour participer, avec voix consultative, aux réunions de la commission permanente.
La CEVPU est une structure de mutualisation et d’expertise au service de tous les acteurs de l’enseignement supérieur.
Accroître la participation des étudiants à la gouvernance de leur établissement d’enseignement supérieur est l’autre mission que s’est confiée la CEVPU. Pour y arriver, elle propose des conseils pour la mise en place et le développement de vice-présidences confiées à des étudiants dans le cadre d’une co-gestion citoyenne des universités. Elle peut à ce titre se prononcer officiellement sur les sujets relatifs aux domaines de compétences des vice-présidents (par exemple : la vie étudiante).