Comme tous les cormorans, le Cormoran africain est considéré comme un concurrent par les pêcheurs.
Du fait de sa grande aire de répartition et de sa population assez importante (de 210 000 à 1 100 000 individus, l'IUCN a classé cet oiseau dans la catégorie LC (préoccupation mineure).
Plusieurs pays ont émis des timbres à l'effigie de cet oiseau : la Mauritanie en 1964 et 1994, et le Rwanda en 1965.
Le terme « cormoran » vient du vieux français « corp », le corbeau, et « marenc », de mer. L'évolution de ces termes a donné « cormareng » au XIIe siècle, puis « cormaran » au XIIIe siècle.
« Phalacrocorax » vient de la fusion de deux termes grecs : « korax », le corbeau et « phalakros », chauve.
Quant à « africain » et « africanus », ces termes font référence au continent africain, où cet oiseau est endémique.
L'espèce Phalacrocorax africanus (au sens large) a été divisée en deux espèces disctinctes :
mais certains auteurs considère ce dernier taxon comme une sous-espèce du Cormoran africain (Phalacrocorax africanus coronatus).
Il y aurait 2 sous-espèces reconnues :