Les espoirs de financement par l'Organisation des Nations unies du projet Decade Volcanoes n'ont pas abouti et, à la place, les fonds ont été recherchés vers des sources variées : par exemple les organismes mexicains de protection civile et scientifique ont financé des emplois à Colima, principalement pour les scientifiques locaux mais aussi pour certains de leurs collègues ; des programmes bilatéraux franco-indonésien et germano-indonésien majeurs ont été créés au Merapi ; l'Union européenne a fourni des fonds pour de nombreuses études menées sur les volcans européens.
Une autre activité, qui n'a pas trouvé de fonds en raison du manque d'accords financiers bilatéraux ou internationaux, est l'échange de scientiques et de responsables de la protection civile entre les projets Decade Volcanoes des pays en voie de développement, comme par exemple entre les Philippines et l'Indonésie, ou entre le Mexique, le Guatemala et la Colombie, ou à travers les océans Pacifique et Atlantique. Souvent, ces personnes des pays en développement peuvent mieux se rapporter leurs expériences entre eux que leurs homologues des pays industrialisés. De plus, les responsables de la protection civile qui ont connu des catastrophes volcaniques sont des témoins beaucoup plus crédibles, aux yeux des responsables locaux, que des scientifiques locaux ou internationaux.
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Bien que les études sur de nombreux volcans ont mené à une réduction claire des risques encourus par les populations alentour, les éruptions de certains Decade Volcanoes ont démontré les difficultés rencontrées par le programme. Les éruptions du mont Unzen qui ont commencé peu de temps avant sa désignation en tant que Decade Volcano furent très suivies mais, malgré ça, une large nuée ardente tua 43 personnes dont trois volcanologues.
Plus tard, une conférence du programme qui eut lieu à Pasto, en Colombie, en 1993 se termina en désastre alors que plusieurs scientifiques présents montèrent une expédition à l'improviste sur le cratère du Galeras. Une éruption se déclencha brusquement alors qu'ils étaient au sommet, ce qui eut pour bilan la mort de six scientifiques et trois touristes.
Un autre problème rencontré par le programme a été l'agitation des civils dans les régions alentours de plusieurs volcans. La guerre civile du Guatemala a affecté les études au Santa María (Santiaguito) jusqu'au cessez-le-feu de 1996. Les affrontements en République démocratique du Congo ont entravé les études au Nyiragongo. Plus généralement, les rares ressources accordées aux études sur les volcans ont entraîné la compétition entre les programmes pour bénéficier de fonds limités.