Sont aujourd'hui admises la monophylie du groupe et de ses deux branches, en considérant l'inclusion des Oiseaux en son sein. Les découvertes les plus récentes en Extrême-Orient permettent de préciser les parentés, révélant parfois la paraphylie de certains sous-groupes.
Mais c'est autour de l'origine des Oiseaux que règne encore un certain flou, dans le groupe des Théropodes (quoique certains contestent ce placement de l'origine des oiseaux). Le cladogramme ci-dessus suit l'option de Maryańska et al. qui font des Oviraptorosaures le groupe frère des Avébrévicaudés, c'est-à-dire plus proche des Oiseaux modernes que l'Archaeopteryx.