Le Conseil Supérieur a approuvé en Mai 2009 les principes d'une profonde réforme des Écoles Européennes qui comporte 3 aspects principaux :
Les procédures d'agrément des écoles de type II ont été approuvées ainsi que le mode de calcul du financement communautaire de ces écoles pour la part concernant les enfants de catégorie I qui y sont scolarisés. Il a aussi été décidé de lancer des projets pilotes pour des écoles de type III. Ceci s'accompagne d'une réforme du Baccalauréat européen afin de permettre à ces nouvelles écoles d'y présenter leurs élèves.
Un mode de calcul indicatif permettra de fixer aux États membres un objectif en termes de détachement des professeurs. La Commission européenne identifiera clairement dans son budget la part de sa contribution qui sera utilisée pour pallier les défaillances des États qui n'atteindraient pas ces objectifs. Les exigences en matière de locuteurs natifs sont assouplies et les Écoles auront une plus grande liberté pour recruter localement des chargés de cours. Par ailleurs, les inspecteurs pourront désormais évaluer la performance de ces chargés de cours qui échappaient à l'inspection.
Les écoles européennes auront désormais une plus grande autonomie de gestion dans le cadre d'une 'feuille de route' (contrat d'objectifs), ce qui renforce le rôle des Conseils d'Administration des écoles et de leurs Directeurs. Un Conseil Consultatif d'École permettra d'associer à la prise de décision l'ensemble des partenaires, y compris le personnel et les parents d'élève.
Par ailleurs, au niveau central, le Conseil Supérieur se déchargera de certaines décisions en déléguant un pouvoir décisionnel accru au Secrétaire général, au Comité Budgétaire (ex CAF), au Comité Pédagogique mixte (regroupant les Comités Primaire et Secondaire) et enfin aux Conseils d'Inspection.
La mise en œuvre de cette réforme sera échelonnée entre 2009 et 2010.
Certaines écoles, telle l'Ecole Européenne de Bruxelles II (Woluwe), organisent une fête annuelle où les classes, les élèves et leurs parents tiennent des stands, organisent une tombola, des concerts et des soirées dansantes. Des équipes sportives s'affrontent durant la journée. Les gains sont reversés à des associations caritatives.
Les écoles européennes sont par ailleurs bien fournies en matériel et un nombre élevé d'entre elles disposent de grands terrains et de salles de sports, de salles de musique, de bibliothèques, de salles informatiques, de projecteurs.