Les écoles sont dirigées par une institution intergouvernementale, le Conseil Supérieur, fondé sur un traité international, la Convention des Écoles Européennes. Le système est financé par les États membres, par une contribution de la Commission européenne et enfin par le revenu des droits de scolarité prévus par les accords spéciaux ou payés par les enfants admis à titre privé.
Le Conseil Supérieur est l'organe de décision des écoles européennes sur les questions pédagogiques, budgétaires et administratives. Il décide de l'orientation et de l'organisation de l'enseignement (des programmes d'études, des horaires, des instructions générales pour choisir des méthodes, des règlements d'examen etc.). Il décide du budget des écoles, sur proposition de chaque Conseil d'Administration de chaque école. Le Conseil Supérieur se réunit au moins trois fois par an : en octobre, pour les affaires courantes; en janvier, pour toutes les questions pédagogiques (réunion élargie); en avril pour le budget et les questions financières. Chaque membre a un vote. Le Conseil Supérieur prend généralement ses décisions à l'unanimité. Composition :
À la réunion de janvier, assistent également : les inspecteurs des Écoles européennes, deux représentants des parents par association, deux représentants des enseignants par école.
Le Conseil Supérieur est assisté par un Secrétaire général qui prépare ses décisions et les exécute. Entre les sessions du Conseil Supérieur, le Secrétaire général le représente, et préside les réunions des Conseils d'Administration de chaque école européenne.
Les décisions du Conseil Supérieur sont d’abord examinées par l’un de ses sous-groupes :
Les Associations de Parents jouent un rôle particulier dans ces institutions car outre la représentation des intérêts des parents, elles gèrent certains services comme les cantines, les transports scolaires et les activités péri-scolaires. Les Associations de Parents se regroupent dans une structure commune, INTERPARENTS, qui délègue ses représentants dans les différents groupes et au Conseil Supérieur.
Les enseignants et le personnel administratif, ainsi que les élèves, élisent chaque année leurs délégués pour les représenter au Conseil Supérieur et aux Comités.
Chaque école est dirigée par le Conseil d’Administration de l’école. Il se réunit deux fois par an pour préparer le budget de l’École et en contrôler l’exécution. Composition :
Nommé par le Conseil Supérieur, le Directeur de l’école est responsable de l'administration de l'école et de la coordination des programmes d'études en suivant les directives du Conseil Supérieur, du Comité d'Inspection et du Conseil d'Administration, à la fois pour le Primaire et pour le Secondaire. Il est assisté par les Directeurs adjoints du Primaire et du Secondaire.
Dans chaque école, des conseils d’éducation élargis du primaire et du secondaire discutent de tout ce qui concerne le fonctionnement journalier de l’école. Leur rôle est consultatif. Composition :
Des Conseillers d’éducation supervisent la discipline et la sécurité, dont la gestion des absences. Ils jouent un rôle important dans les relations entre la Direction, les élèves, parents et enseignants. Ils s’occupent de l’accueil des enfants, des problèmes individuels ou de classe, du soutien des élèves, etc. Le Conseiller d’éducation principal participe au Conseil d’éducation du Secondaire.