Epiphany propose un panneau de réglage volontairement limité à l'essentiel. L'interface (barres d'outils, boutons) est également facilement personnalisable. Au besoin, des extensions peuvent être utilisées pour modifier le comportement d'Epiphany (voir ci-dessus).
Il est possible d'afficher une barre de signets regroupant les signets préférés de l'utilisateur (menu « Signets », « Modifier les signets » : effectuer un clic droit sur le signet désiré et cocher la case « Afficher sur la barre de signets »).
Les utilisateurs avertis ont également la possibilité de paramétrer Epiphany au moyen de l'éditeur de configuration de GNOME, comme avec toute application conçue pour GNOME.