Deux procès ont été intentés contre, d'une part, une commission scolaire dans la région de Drummondville qui refusait à des parents d'exempter leurs enfants conformément à l'article 222 de la Loi sur l'instruction publique du Québec et, d'autre part, le ministère de l'Éducation qui refusait à une école secondaire catholique de Notre-Dame-de-Grâce, la Loyola High school, la possibilité d'adapter le programme ECR pour qu'il se conforme à sa vocation de collège catholique.
On retrouvera un compte rendu exhaustif du procès : compte rendu des quatre jours de procès de première instance, requête des parents, expertises des parents, plaidoiries des deux parties par écrit et réplique des parents ici.
La décision de première instance a été défavorable aux parents, on lira ici les deux parties du juge Dubois de la Cour supérieure du Québec, partie 1, partie 2.
L'affaire a été entendue en appel, voir ici pour un compte rendu de l'audience de recevabilité, lire les Motifs d'inscription en appel et la Requête en rejet d'appel de la procureure générale du Québec.
La Cour d'appel du Québec a refusé d'entendre les parents parce que pour les trois juges l'affaire était devenue théorique : « [10] Deuxièmement, il appert qu’à ce stade du litige, et en fait, ni l’un ni l’autre des deux enfants n'est assujetti à l’obligation de suivre le cours Éthique et culture religieuse : […] et le second, qui est inscrit dans un établissement privé, est exempté de suivre le cours en question. » Puis au paragraphe [13] : « [13] En outre, dans les faits, le problème ne se pose plus à l’égard des enfants des appelants puisque ni l’un ni l’autre n'est maintenu tenu de suivre cet enseignement ». La Coalition pour la liberté s'est réjouie de la reconnaissance de l'exemption des enfants au privé tout en considérant aller en Cour suprême pour que ce droit soit reconnu également dans les écoles publiques. L'Association des parents catholique du Québec a également décrit cet arrêt comme « une brèche pour l'école privée à étendre à l'école publique ».
L'affaire a été portée devant la Cour suprême du Canada.
Le procès de Loyola a duré cinq jours, on trouvera ici le compte rendu du procès, la requête du collège, lettre à la ministre, plaidoirie des deux parties.
La décision du juge a été favorable à la Loyola High school (le jugement complet (63 pages) et extraits ici).
Plusieurs sondages ont démontré une polarisation de la population québcéoise autour de ce programme. En octobre 2008, 45 % des Québécois étaient opposés au programme et 72 % désiraient que les parents aient le choix entre ce programme et un cours de religion confessionnelle et de morale traditionnel à l'école. En mai 2009, la proportion de Québécois en faveur du choix avait cru pour atteindre 76 %.
Cependant, la controverse autour du cours tend aujourd'hui a diminuer alors qu'une majorité de Québécois sont favorables au cours. En effet, un sondage Léger-Marketing du 29 mars 2010 révélait que 65,5 % des Québécois voit d'un bon œil que les étudiants suivent ce cours.