Progressivement, les FJT qui ont résolu les soucis de construction vont compléter la simple logique d'hébergement par une mission socio-éducative. L'accompagnement des jeunes vers l'autonomie arrive dans un contexte nouveau, où la préoccupation de donner un toit et un logement décent n'est plus la priorité. Les enfants du baby-boom ont grandi et les années 1960 sont marquées par l'émergence de la « jeunesse » en tant que groupe spécifique : l'effet de génération se substitue aux communautés d'appartenance, qu'elles soient d'origine ou professionnelle.
La professionnalisation des personnels dans les FJT, liée à l'évolution de la mission du logement vers le socio-éducatif permet de rendre visible et de montrer l'efficacité des actions menées aux pouvoirs publics. Cela va déboucher en 1971 d'une part sur la création d'une ligne « Aides aux jeunes travailleurs » dans le budget du ministère des affaires sociales, d'autre part sur l'éligibilité des FJT aux postes subventionnés par le Fond de coopération de la jeunesse et de l'éducation populaire (FONJEP). L'institutionnalisation des foyers est concrétisée lorsque l'État publie une circulaire définissant le rôle des Foyers de Jeunes Travailleurs et fixant des conditions à leur agrément.
La « rigueur économique » imposée par l'Etat touche dans leur gestion les FJT au même titre que nombre d'autres structures sociales ou socio-culturelles. Les aides publiques diminuent, et les foyers doivent gérer au mieux leur ressources pour survivre. Le passage de 600 foyers en 1964 à 470 en 1991 tient de cela en grande partie. Les FJT qui n'ont pas pris le virage de « l'économie sociale », nouveau concept qui émerge au tournant des années 1980, ont pour un certain nombre disparu. A l'entrée dans les années 1990, la situation dans les FJT est analysée comme un retour en arrière. En effet, les foyers construits dans les années 1960 tout d'abord ont mal vieillis, et ensuite ont une palette d'habitat désormais inadaptée. L'offre majoritaire des Foyers de Jeunes Travailleurs reste de la chambre individuelle dans des grands collectifs, ce qui ne correspond plus à la demande. Le bâti s'est dégradé et réclame de lourdes réhabilitations. Paradoxalement les foyers sont remplis car les jeunes peinent à se loger, du fait de leur précarisation et de la pénurie de logements sociaux. Le public des foyers est extrêmement précarisé et morcelé ; depuis longtemps déjà les « travailleurs », au sens de ceux qui ont un emploi stable et à temps complet, sont en minorité. La fonction des FJT est désormais de faire en sorte d'éviter l'exclusion aux jeunes qui y sont hébergés, ceci en croisant les missions d'hébergement, d'accompagnement socio-culturel et d'insertion, le tout avec une dimension partenariale de plus en plus affirmée. Un symptôme de cette évolution est que désormais dans nombre d'équipes socio-éducatives il y a au côté des « traditionnels » animateurs des éducateurs, des conseillers en économie sociale et familiale et parfois même des psychologues.
Les années 2000 sont marquées à nouveau par la situation de crise du logement qui s'accroît dans un contexte de baisse des financements publics, de retards pris dans les programmes de logements sociaux et de hausse considérable des prix sur le marché de l'immobilier : pour les jeunes, la part du revenu consacrée au logement est passée hors aide au logement de 29% en 1988 à 40% en 2005.