Pendant la Guerre d'Espagne, le théâtre Borràs de Barcelone prend le nom de Ferrer, pour former avec le Aribau Club (construit par les syndicalistes libertaires et inauguré sous le nom de Durruti) et le désormais disparu cinéma Vergara (qui a été créé sous le nom de Ascaso), ce que l'on appelle la "trilogie des martyrs de la cause anarchiste", comme l'indique la stèle du cimetière de Montjuïc.
Sur la montagne de Montjuïc ont été placés un monolithe et une statue en signe de reconnaissance publique de la ville de Barcelone à Francesc Ferrer.
De nos jours en Espagne, divers bâtiments publics et structures culturelles et éducatives portent son nom, comme l’Instituto de Educación Secundaria Francesc Ferrer i Guàrdia à Valence.
Une statue est érigée à Bruxelles en son honneur, en face des bâtiments de l'Université libre de Bruxelles. De même, la promotion 2009 du Département de Science politique de l'Université libre de Bruxelles a été nommée en son honneur, pour le centenaire de son exécution.
C'est pour tout ce peuple que Francisco Ferrer, suivant ses propres paroles veut: « Fonder des écoles nouvelles où seront appliqués directement des principes répondant à l'idéal que se font de la société et des Hommes, ceux qui réprouvent les conventions, les préjugés, les cruautés, les fourberies et les mensonges sur lesquels est basée la société moderne ».