Le germanium peut être trouvé en beaucoup d'endroits. Actuellement, il est récupéré comme sous-produit à partir de minerais de zinc sphalérite (formule chimique du minéral : ZnS, cubique).
Il est présent dans la germanite (qui en contient jusqu'à 9 %, cubique), la renierite (tétragonale), l'argyrodite (4Ag2S · GeS2, soit Ag8GeS6, orthorhombique) et dans d'autres minerais, qui ne sont pas exploités.
C'est un élément rare, sa teneur dans la croûte terrestre est très faible, environ 1,5 ppm. On le trouve à l'état de traces dans les cendres de certains types de charbon (nommés « vitrain » (en)) après affinage de ceux-ci. En France, il est aussi présent dans des filons Pb-Zn.
La production mondiale en 2004 était estimée à 40 t (Chine, USA, ...).
Le tétrachlorure de germanium (un liquide volatil qui bout à 86 °C et peut être distillé) est un intermédiaire pour la purification du germanium métal ou de son oxyde, GeO2. La technique permet la production de germanium d'ultra-haute pureté. En fait, des techniques d'affinage de zone ont conduit à la production de germanium cristallin pour semi-conducteur de pureté 10-9 : 99,99999999 % (seulement 0,1 ppb d'impureté).