En 2005, le minaret fut endommagé par l'explosion d'une bombe. Samarra est en effet au cœur des conflits religieux irakiens entre sunnites et chiites car la ville comporte aussi une mosquée sacrée des chiites, la Mosquée d'Or, elle-même également endommagée par deux attentats en 2006. Les insurgés auraient visé les troupes américaines qui se seraient servi du minaret comme poste de surveillance. La partie supérieure a été endommagée mais cet évènement a accéléré le placement du site archéologique sur la liste du Patrimoine mondial en péril de l'UNESCO en 2007. L'UNESCO a ainsi restauré une partie de la muraille et du minaret.
Le calife Jafar al-Mutawakkil fit aussi construire une nouvelle ville plus au nord à laquelle il donna son prénom : Jafariya. C'est dans cette nouvelle ville qu'il fit construire un nouveau palais et une nouvelle mosquée, réplique de celle de Samarra : la Mosquée Abu Dulaf. Le plan est identique mais les dimensions sont plus réduites. Le plan rectangulaire de mêmes proportions mesure 213 mètres sur 165 et la hauteur de son minaret n'est que de 16 mètres, sur le modèle du Malwiya. L'autre exemple de minaret à spirale, probablement inspiré du Malwiya se retrouve en Égypte à la mosquée Ibn Touloun, construite également au IXe siècle par le gouverneur abbasside d'Égypte Ahmad Ibn Touloun, fondateur de la dynastie des Toulounides. D'autre part, la portée artistique de ce minaret est probablement à l'origine de la représentation ultérieure dans l'art occidental des ziggourats mésopotamiennes, par exemple dans La Tour de Babel du peintre hollandais Pieter Bruegel l'Ancien (1563).