Grippe aviaire chez l'animal - Définition
La liste des auteurs de cet article est disponible ici.
Le vétérinaire distingue trois types de souches
- Souches vélogènes (HP ou « Hautement pathogènes »), sources d'épizooties très meurtrières caractérisées par atteinte viscérale et/ou nerveuse associée ou non à des troubles respiratoires. A ce jour, ces souches correspondent aux sous-types H5 et H7.
- Souches mésogènes et lentogènes (respectivement moyennement à peu virulentes) à l'origine de troubles respiratoires ou nerveux qui s'accompagnent éventuellement d'une mortalité élevée, mais seulement chez les jeunes.
Classement phylogénétique
La première souche connue de H5N1 est : HP IA A H5N1 (A/chicken/Scotland/59), trouvé sur des poulets morts en écosse en 1959; Les variants du HPAI A(H5N1) qui ont sévi en 2004 sont issus de virus qui ont évolué de 1999 à 2002 en créant une souche très pathogène dite de génotype Z. (ou "Asian lineage HPAI A(H5N1)").
Cette souche s’est subdivisée en deux groupes antigéniquement différents pour l’hémaglutinine (H).
Sur la base de la séquence des acides aminés du site de clivage de la protéine hémagglutinine (H ou HA) étudiée chez les virus H5N1 circulant chez l’oiseau ou l’Homme de 2003 à 2006, on les a aujourd’hui classé en deux clades* phylogénétiques distincts.
Les virus du clade 1 semblent avoir surtout circulé au Cambodge, en Thaïlande et au Vietnam où ils ont infecté l’Homme en 2004 et 2005. Ils ont infecté des oiseaux au Laos et en Malaisie.
Les virus du clade 2 semblent avoir surtout circulé chez les oiseaux en Chine et en Indonésie en 2003-2004 et au Japon et Corée du Sud puis ils ont en 2005-2006 diffusé vers l'ouest vers le Moyen-Orient, l’Europe et l’Afrique, devenant le principal responsable des infections humaine de la fin 2005 et du début 2006 selon l’OMS.
Six clades secondaires ont été distingués au sein du clade 2, qui ont des distribution géographique différentes et ont été la cause d’infections humaines mortelles.
Ils sont classés par l’OMS en trois sous-clades (sub-clades no 1, 2 et 3)
Des vaccins pré-pandémiques ont été testés, fabriqués et commencent à être stockés. Les premiers sont tous produits à partir de virus du clade 1, d’origine vietnamienne (rg A/Vietnam/1194/2004 (NIBRG-14) et rg A/Vietman/1203/2004 (CDCRG-1 et SJRG-161052)). Le virus a beaucoup évolué de 2004 à 2006 et on ne peut connaître à l’avance le variant qui pourrait acquérir des caractéristiques pandémiques. Il faut donc aussi étudier des prototypes de vaccins adaptés aux nouveaux variants qui se développent et qui sont génétiquement distinct des virus du clade 1 (en Indonésie notamment).
Il faut aussi étudier les protections croisées que pourraient offrir certains vaccins vis à vis de différents clades et subclades. Sur la base de la diffusion géographique, de l'épidémiologie, et des propriétés antigéniques et génétiques des virus H5N1 isolés chez les humains les 12 mois précédents, les pays peuvent recommander un ou plusieurs virus vacciniques qui peuvent être stockés.
